More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1039 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
503 aa  996    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  53.05 
 
 
517 aa  511  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  53.55 
 
 
517 aa  494  9.999999999999999e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  37.55 
 
 
514 aa  272  9e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 
513 aa  256  6e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  34.03 
 
 
538 aa  196  7e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  32.45 
 
 
533 aa  195  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
529 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 
526 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.77 
 
 
545 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 
513 aa  180  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 
529 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  30.81 
 
 
529 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
520 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.21 
 
 
516 aa  177  4e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  29.35 
 
 
545 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.42 
 
 
512 aa  173  6.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
527 aa  172  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  32.29 
 
 
523 aa  171  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 
526 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
509 aa  168  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
535 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
529 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.73 
 
 
535 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.21 
 
 
516 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 
532 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  28 
 
 
536 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  33.97 
 
 
505 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
527 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
527 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.6 
 
 
537 aa  163  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 
512 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 
513 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
527 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
539 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  28.27 
 
 
527 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  28.27 
 
 
527 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
527 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
496 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  29.05 
 
 
526 aa  161  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.5 
 
 
538 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 
540 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 
532 aa  156  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  26.6 
 
 
536 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 
534 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  30.75 
 
 
534 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  28.84 
 
 
522 aa  152  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 
538 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 
534 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  28.77 
 
 
540 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 
518 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  28.23 
 
 
511 aa  147  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.29 
 
 
535 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
519 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
510 aa  146  8.000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
535 aa  146  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.28 
 
 
524 aa  145  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
517 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.25 
 
 
510 aa  143  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
515 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
535 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  30.27 
 
 
523 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.05 
 
 
502 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  23.73 
 
 
519 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.79 
 
 
545 aa  140  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.33 
 
 
516 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
510 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
515 aa  138  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
519 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.34 
 
 
505 aa  137  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5018  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 
526 aa  137  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0327585 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  25.97 
 
 
517 aa  137  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  25.1 
 
 
555 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  26.06 
 
 
519 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  26.58 
 
 
532 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  26.58 
 
 
532 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.6 
 
 
519 aa  134  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  29.23 
 
 
514 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  26.51 
 
 
537 aa  134  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.43 
 
 
542 aa  134  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
524 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 
511 aa  133  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.85 
 
 
516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 
497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  28.38 
 
 
528 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 
537 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 
522 aa  130  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.14 
 
 
532 aa  130  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 
528 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.6 
 
 
520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 
514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.01 
 
 
516 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0494  extracellular solute-binding protein family 5  28.92 
 
 
536 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.080678  normal  0.301708 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 
534 aa  128  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 
534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 
533 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.65 
 
 
544 aa  127  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>