More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2183 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  67.3 
 
 		 529 aa  783    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 529 aa  1080    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  67.3 
 
 		 529 aa  778    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  75.63 
 
 		 526 aa  830    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  71.15 
 
 		 529 aa  791    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  53.82 
 
 		 527 aa  557  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  43.93 
 
 		 525 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  43.44 
 
 		 520 aa  419  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  41.01 
 
 		 522 aa  403  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  39.81 
 
 		 513 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 		 519 aa  389  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  39.6 
 
 		 512 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  38.39 
 
 		 518 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  40.2 
 
 		 496 aa  353  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  36.76 
 
 		 511 aa  332  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 		 535 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 		 535 aa  325  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  39.88 
 
 		 535 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 534 aa  321  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  40.28 
 
 		 534 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 		 534 aa  316  6e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 		 536 aa  314  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  35.34 
 
 		 538 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  35.87 
 
 		 538 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  35.6 
 
 		 519 aa  311  2.9999999999999997e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  34.4 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 		 540 aa  300  4e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  34.52 
 
 		 540 aa  293  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  33.77 
 
 		 535 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 		 535 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.25 
 
 		 526 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  31.43 
 
 		 545 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  34.57 
 
 		 537 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.43 
 
 		 545 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  34.32 
 
 		 536 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  34.36 
 
 		 536 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 		 527 aa  276  7e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  32.84 
 
 		 527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  32.11 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  32.11 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.69 
 
 		 537 aa  273  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 537 aa  272  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  31.98 
 
 		 513 aa  267  4e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  31.48 
 
 		 527 aa  261  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 		 509 aa  253  5.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  31.85 
 
 		 516 aa  230  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 		 515 aa  216  8e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.21 
 
 		 516 aa  211  4e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 513 aa  211  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  28.43 
 
 		 532 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.34 
 
 		 538 aa  198  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 517 aa  188  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 555 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  27.6 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 526 aa  177  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 517 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 		 538 aa  173  5.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 561 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 524 aa  173  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 533 aa  170  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 550 aa  167  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 554 aa  160  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.72 
 
 		 554 aa  159  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 		 503 aa  159  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 523 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  32.24 
 
 		 505 aa  156  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  27.72 
 
 		 514 aa  143  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 511 aa  136  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.94 
 
 		 520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 543 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 543 aa  134  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  28.15 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 526 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.25 
 
 		 502 aa  130  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.25 
 
 		 510 aa  129  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.05 
 
 		 525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.62 
 
 		 525 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 		 522 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.72 
 
 		 541 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 522 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 524 aa  126  9e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 528 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 521 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 503 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 521 aa  124  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.53 
 
 		 524 aa  124  5e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.69 
 
 		 527 aa  124  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 503 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  24.14 
 
 		 550 aa  123  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.52 
 
 		 565 aa  123  9e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.51 
 
 		 516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  25.53 
 
 		 527 aa  121  3e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>