More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1820 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 527 aa  1088    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  56.79 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  56.6 
 
 		 529 aa  616  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  55.66 
 
 		 529 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  53.82 
 
 		 529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  52.3 
 
 		 526 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  46.45 
 
 		 520 aa  418  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  44.94 
 
 		 522 aa  411  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 		 519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 		 525 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  38.25 
 
 		 513 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  39.07 
 
 		 518 aa  352  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  40.23 
 
 		 512 aa  350  3e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  39 
 
 		 535 aa  349  9e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  39 
 
 		 535 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  40.43 
 
 		 496 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  38.57 
 
 		 511 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 535 aa  339  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 		 534 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  38.59 
 
 		 534 aa  312  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 534 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 		 536 aa  306  8.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.56 
 
 		 535 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  37.38 
 
 		 545 aa  297  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  38.1 
 
 		 536 aa  297  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 		 540 aa  293  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.27 
 
 		 545 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  35.76 
 
 		 536 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.62 
 
 		 537 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 539 aa  291  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  38.29 
 
 		 519 aa  288  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  36.36 
 
 		 538 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  35.9 
 
 		 538 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  38.62 
 
 		 540 aa  282  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 537 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  35.59 
 
 		 537 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.31 
 
 		 526 aa  277  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 		 527 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  36.67 
 
 		 527 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  36.67 
 
 		 527 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  36.25 
 
 		 527 aa  273  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  36.25 
 
 		 527 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  35.85 
 
 		 513 aa  270  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 		 509 aa  268  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  34.19 
 
 		 527 aa  254  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.99 
 
 		 516 aa  207  5e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  28.13 
 
 		 555 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 561 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  31.71 
 
 		 532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.31 
 
 		 516 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 		 554 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 		 517 aa  196  1e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 515 aa  195  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 517 aa  192  9e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.2 
 
 		 554 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 533 aa  192  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  29.68 
 
 		 538 aa  191  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 550 aa  189  8e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 513 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 523 aa  183  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 		 538 aa  180  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  28.37 
 
 		 503 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 543 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  31.24 
 
 		 514 aa  161  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  28.97 
 
 		 514 aa  160  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 		 543 aa  160  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 526 aa  159  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  26.8 
 
 		 555 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 526 aa  150  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 524 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.54 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  27.84 
 
 		 555 aa  147  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 549 aa  147  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 516 aa  146  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 512 aa  144  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 522 aa  144  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.46 
 
 		 514 aa  143  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 502 aa  143  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 		 514 aa  143  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 517 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.4 
 
 		 516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.16 
 
 		 525 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 516 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  29.15 
 
 		 510 aa  140  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 512 aa  139  8.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 		 524 aa  139  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.74 
 
 		 520 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 521 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 505 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 521 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  26.54 
 
 		 595 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 		 520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 504 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 		 527 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 521 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.82 
 
 		 513 aa  131  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>