More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4354 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  67.61 
 
 		 495 aa  691    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 497 aa  1005    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  68.41 
 
 		 496 aa  689    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  66.6 
 
 		 497 aa  681    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  68.58 
 
 		 495 aa  683    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  68.41 
 
 		 496 aa  689    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  66.2 
 
 		 502 aa  682    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  60.71 
 
 		 495 aa  588  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  45.92 
 
 		 493 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  46.79 
 
 		 503 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  45.84 
 
 		 489 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  43.5 
 
 		 492 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 		 492 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.34 
 
 		 492 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.49 
 
 		 479 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 		 494 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  40.85 
 
 		 509 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  40.43 
 
 		 508 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  39.11 
 
 		 508 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  36.47 
 
 		 501 aa  278  1e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 		 499 aa  258  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 504 aa  245  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  34.3 
 
 		 507 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  33.87 
 
 		 506 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.88 
 
 		 507 aa  222  9.999999999999999e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 522 aa  221  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 		 563 aa  218  1e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26350  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.28 
 
 		 526 aa  219  1e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.228589 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 503 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 505 aa  210  4e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0919  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  29.36 
 
 		 539 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.654123  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 		 510 aa  189  8e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 505 aa  183  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  32.72 
 
 		 534 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.96 
 
 		 519 aa  181  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 512 aa  179  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.18 
 
 		 535 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 515 aa  177  4e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  31.57 
 
 		 510 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 523 aa  171  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 500 aa  170  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.14 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.42 
 
 		 510 aa  167  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 521 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.22 
 
 		 520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 520 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.89 
 
 		 516 aa  162  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.06 
 
 		 542 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 495 aa  161  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 532 aa  160  5e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30.13 
 
 		 502 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 547 aa  157  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  29.71 
 
 		 529 aa  157  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  33.58 
 
 		 505 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 528 aa  156  9e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2790  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 527 aa  156  9e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 511 aa  155  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 		 544 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  30 
 
 		 524 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 510 aa  155  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.45 
 
 		 539 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  28.29 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 517 aa  154  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.29 
 
 		 535 aa  154  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 543 aa  153  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.68 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.09 
 
 		 535 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.68 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.68 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  30.27 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 532 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.68 
 
 		 526 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.32 
 
 		 541 aa  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 536 aa  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 535 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.49 
 
 		 526 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  29.38 
 
 		 517 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  28.69 
 
 		 526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1950  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 		 506 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412794  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 532 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.67 
 
 		 541 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 541 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 547 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 541 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.71 
 
 		 531 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.91 
 
 		 540 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.02 
 
 		 524 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 		 517 aa  147  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 		 535 aa  148  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>