More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5184 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  100 
 
 		 550 aa  1118    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  68.55 
 
 		 554 aa  740    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  84.04 
 
 		 551 aa  936    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  55.15 
 
 		 547 aa  587  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  34.66 
 
 		 543 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 541 aa  274  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  34.24 
 
 		 557 aa  273  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  33.91 
 
 		 547 aa  266  8.999999999999999e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  34.85 
 
 		 545 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  34.85 
 
 		 545 aa  262  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  31.87 
 
 		 554 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  35.8 
 
 		 547 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 		 562 aa  240  5e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  30.91 
 
 		 532 aa  211  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.42 
 
 		 550 aa  205  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  34.59 
 
 		 550 aa  204  4e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 		 587 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.26 
 
 		 562 aa  197  6e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.52 
 
 		 541 aa  194  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 556 aa  190  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 557 aa  190  5.999999999999999e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  31.77 
 
 		 542 aa  190  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  31.38 
 
 		 542 aa  190  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 		 543 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 535 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  29.48 
 
 		 535 aa  186  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 546 aa  180  5.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 		 558 aa  178  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.24 
 
 		 542 aa  176  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  29.02 
 
 		 551 aa  176  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 		 511 aa  171  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  32.52 
 
 		 539 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 555 aa  171  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  27.06 
 
 		 560 aa  170  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  31.2 
 
 		 544 aa  169  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  29.45 
 
 		 537 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 554 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 537 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  30.64 
 
 		 553 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  32.88 
 
 		 526 aa  157  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.24 
 
 		 550 aa  156  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  31.93 
 
 		 506 aa  150  5e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.51 
 
 		 509 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.6 
 
 		 488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  30.51 
 
 		 508 aa  146  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  29.38 
 
 		 526 aa  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.38 
 
 		 526 aa  145  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 601 aa  145  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 564 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  23.73 
 
 		 548 aa  139  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.34 
 
 		 524 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 		 595 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  29.81 
 
 		 512 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 492 aa  137  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  26.86 
 
 		 537 aa  136  8e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  29.57 
 
 		 512 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  29.57 
 
 		 512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.55 
 
 		 508 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  29.57 
 
 		 512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  29.57 
 
 		 512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.43 
 
 		 512 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  30.49 
 
 		 518 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.19 
 
 		 512 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.19 
 
 		 512 aa  133  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.19 
 
 		 512 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  29.17 
 
 		 514 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.19 
 
 		 512 aa  133  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  29.19 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.85 
 
 		 492 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  29.19 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.85 
 
 		 479 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  28.11 
 
 		 546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.92 
 
 		 538 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.95 
 
 		 535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 560 aa  131  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.75 
 
 		 493 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 524 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 517 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.38 
 
 		 524 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  26.17 
 
 		 532 aa  130  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 489 aa  130  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.76 
 
 		 516 aa  130  8.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 512 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 544 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 		 520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  28.47 
 
 		 514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.99 
 
 		 529 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 		 551 aa  127  5e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0480  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 		 569 aa  127  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105843  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 512 aa  127  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 		 529 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.98 
 
 		 565 aa  127  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  29.46 
 
 		 513 aa  126  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  26.13 
 
 		 566 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 526 aa  126  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01730  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.95 
 
 		 560 aa  125  2e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>