More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0829 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0829  response regulator receiver protein  100 
 
 		 141 aa  289  8e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00313002  normal  0.336166 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0136  response regulator receiver protein  42.28 
 
 		 128 aa  91.7  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00549799  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4937  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 136 aa  85.5  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3047  two-component response regulator  40.32 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0882292  normal  0.419073 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0054  response regulator of ato, ornithine decarboxylase antizyme (sensor ATOS)  34.59 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2335  response regulator receiver  35.51 
 
 		 146 aa  78.6  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.619064  normal  0.248162 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4971  response regulator receiver and unknown domain protein  34.13 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148199  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5434  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.455605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3216  two-component response regulator, CheY-like  30.65 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233496  normal  0.450794 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1029  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.451045  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2393  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1627  response regulator receiver  29.84 
 
 		 320 aa  68.6  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.307982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6527  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498145  normal  0.0582996 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5595  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000316112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1524  response regulator receiver  33.04 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847446  normal  0.544157 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3480  response regulator receiver protein  41.3 
 
 		 119 aa  67  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2534  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1356  two component response regulator  28.26 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.189913  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3002  response regulator receiver protein  36.92 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.24335  normal  0.317219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3681  response regulator receiver  36.04 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  33.61 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1993  response regulator receiver protein  36.15 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156439  hitchhiker  0.00339677 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2351  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 157 aa  62  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0154  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  39.25 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3028  two-component response regulator  34.19 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0938905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1314  response regulator receiver protein  30.95 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3324  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  31.5 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0163  response regulator receiver domain-containing protein  31.09 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0991  response regulator receiver protein  31.91 
 
 		 162 aa  57  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3463  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 		 1333 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.245922 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1004  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000076493 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2409  response regulator receiver protein  33.57 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2064  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01607  PilL protein  35.14 
 
 		 2301 aa  56.2  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.68194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05390  ChpA  31.2 
 
 		 2476 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.812783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4279  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 951 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 1009 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3629  putative CheA signal transduction histidine kinases  28.95 
 
 		 2336 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4247  CheA signal transduction histidine kinases  33.08 
 
 		 922 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.63903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0513  response regulator  31.2 
 
 		 2458 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0104  two-component response regulator  29.55 
 
 		 134 aa  55.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0412586  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0359  CheA signal transduction histidine kinases  32.43 
 
 		 1834 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.505566  normal  0.609353 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0903  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24539  decreased coverage  0.00652104 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1115  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4112  response regulator receiver protein  32.99 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4152  response regulator receiver protein  32.99 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.336467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3853  response regulator receiver domain-containing protein  34.91 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0315  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 141 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1420  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3803  CheA signal transduction histidine kinases  33.08 
 
 		 934 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.15 
 
 		 1101 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.114215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0408  CheA signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 2423 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  31.25 
 
 		 531 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0463  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 		 1314 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.332875  normal  0.985136 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3139  response regulator receiver protein  30 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2436  response regulator receiver protein  33.07 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.287992  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1869  response regulator receiver protein  29.84 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.124922  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5453  CheA signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 747 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.764104  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3376  CheA signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 911 aa  54.3  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163998  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01579  Response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like protein  32.17 
 
 		 891 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0896  CheA signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 		 1725 aa  53.9  0.0000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.720203  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 1070 aa  53.9  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1020  putative CheA signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 		 1725 aa  53.9  0.0000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3772  CheA signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 		 2539 aa  53.9  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3967  CheA signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 2414 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2432  response regulator, CheY-like  29.75 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0284  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0476  CheA signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 1629 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 2099 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 2099 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0036  response regulator receiver protein  32.11 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1283  response regulator receiver protein  31.93 
 
 		 153 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0282174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2198  response regulator receiver protein  26.95 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.718868  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5304  CheA Signal transduction histidine Kinases (STHK)  29.73 
 
 		 1971 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266028 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1288  response regulator receiver domain-containing protein  30.25 
 
 		 137 aa  52.8  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2900  putative CheA signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 		 1974 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 484 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0407  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.177022  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3085  CheA signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 2212 aa  52.4  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.284349 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.93 
 
 		 1271 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1955  response regulator receiver protein  30.47 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275329  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5761  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1204 aa  52.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.122146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2695  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3604  response regulator receiver  35.58 
 
 		 144 aa  52.8  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 		 959 aa  52  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  30.83 
 
 		 797 aa  52.4  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4153  response regulator receiver protein  30 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2075  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 572 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4622  CheA signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 2022 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4416  response regulator receiver protein  28.47 
 
 		 163 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.499791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0283  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 		 531 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0520  CheA kinase  30.77 
 
 		 888 aa  52  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.691832 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2121  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.317416  normal  0.525904 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 1143 aa  51.6  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  34.65 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>