More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1998 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  100 
 
 		 140 aa  293  7e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3951  response regulator  45.11 
 
 		 140 aa  124  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3604  response regulator receiver  46.27 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1560  response regulator receiver domain-containing protein  42.14 
 
 		 143 aa  110  5e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.126493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0503  response regulator receiver protein  45 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3324  response regulator receiver protein  41.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3765  response regulator receiver protein  45 
 
 		 144 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3947  response regulator receiver protein  45 
 
 		 144 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3821  response regulator receiver protein  45 
 
 		 144 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0544  response regulator receiver protein  47.41 
 
 		 144 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3329  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 144 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3486  response regulator receiver protein  45 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  41.43 
 
 		 141 aa  104  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0543  response regulator receiver protein  45.93 
 
 		 144 aa  104  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2787  response regulator receiver protein  38.85 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00139288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1420  response regulator receiver protein  39.01 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3162  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 142 aa  97.4  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1215  response regulator receiver protein  36.43 
 
 		 153 aa  96.7  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.125969  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544.1  hypothetical protein  41.53 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0903  response regulator receiver protein  36.43 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24539  decreased coverage  0.00652104 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2131  response regulator receiver protein  36.5 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.159262  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2147  response regulator receiver protein  38.73 
 
 		 153 aa  89.4  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2566  two component signal transduction response regulator  37.32 
 
 		 151 aa  88.2  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3486  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 149 aa  86.3  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1288  response regulator receiver domain-containing protein  35.38 
 
 		 137 aa  86.7  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2342  response regulator receiver  34.29 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00382381  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  33.08 
 
 		 137 aa  83.6  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2693  response regulator receiver protein  36.64 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2436  response regulator receiver protein  36.43 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.287992  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0473  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0909  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0381  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1654  response regulator receiver domain-containing protein  35.97 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00207304  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1433  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.826903  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3016  response regulator receiver protein  35.07 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1843  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682299  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0175  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1933  response regulator  36.76 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5035  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 145 aa  81.6  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4332  response regulator receiver protein  31.34 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  39.1 
 
 		 148 aa  80.5  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0163  response regulator receiver domain-containing protein  31.54 
 
 		 137 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3060  response regulator receiver protein  32.33 
 
 		 147 aa  80.1  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.527476  hitchhiker  0.00457067 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2083  hypothetical protein  40.74 
 
 		 139 aa  80.1  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0679  response regulator receiver protein  37.59 
 
 		 144 aa  80.5  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145382  normal  0.0176538 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2073  hypothetical protein  40.74 
 
 		 139 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2540  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2513  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1008  response regulator  34.56 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3512  response regulator receiver domain-containing protein  38.03 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.592796  normal  0.130265 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0708  response regulator receiver protein  34.33 
 
 		 154 aa  78.2  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4222  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2664  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 147 aa  78.2  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.213222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5359  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 148 aa  77.8  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2528  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2718  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.50209 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01274  putative two-component response regulator  33.82 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1357  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.463554  normal  0.0634619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2630  response regulator receiver domain-containing protein  33.08 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0587673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1704  response regulator receiver  34.09 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.635187  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2912  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1900  response regulator  33.86 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.176755  normal  0.0491434 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2376  hypothetical protein  34.45 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4344  response regulator receiver domain-containing protein  33.08 
 
 		 146 aa  75.1  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.676678  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  31.34 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1115  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 149 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1144  response regulator receiver protein  34.04 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497845  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0444  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.247834 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0407  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.177022  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2451  response regulator receiver  34.07 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.694561  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3379  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 151 aa  73.9  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.100114  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1248  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 157 aa  73.9  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.234845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3011  response regulator receiver protein  34.03 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0415054  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3878  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 146 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.205471 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1578  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.649884  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22950  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.58 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.213656 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1869  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.124922  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2523  hypothetical protein  33.61 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3426  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0768314  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2298  response regulator receiver domain-containing protein  33.58 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12586  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0991  response regulator receiver protein  32.54 
 
 		 162 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2010  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3142  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.460947  normal  0.158986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1283  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0282174 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0290  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000140993  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0749  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 156 aa  71.6  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2794  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 155 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.531019 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1811  response regulator receiver protein  26.81 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.121023 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3270  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 146 aa  71.2  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3744  response regulator receiver protein  41.76 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.139387  hitchhiker  0.00363561 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0554  response regulator receiver protein  32.39 
 
 		 156 aa  70.5  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3434  response regulator receiver protein  32.12 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0662678 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2817  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0947814 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4416  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.499791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2355  response regulator receiver protein  33.09 
 
 		 153 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2268  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 145 aa  70.1  0.000000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3340  response regulator receiver protein  33.09 
 
 		 153 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5179  response regulator receiver protein  29.08 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.172349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1954  response regulator receiver protein  32.33 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>