More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1215 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1215  response regulator receiver protein  100 
 
 		 153 aa  316  7.999999999999999e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.125969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3604  response regulator receiver  50 
 
 		 144 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0903  response regulator receiver protein  45.32 
 
 		 143 aa  128  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.24539  decreased coverage  0.00652104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  42.96 
 
 		 141 aa  121  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3951  response regulator  43.38 
 
 		 140 aa  120  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  41.48 
 
 		 141 aa  118  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2787  response regulator receiver protein  40.28 
 
 		 141 aa  117  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00139288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3324  response regulator receiver protein  43.28 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3947  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3821  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3765  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0503  response regulator receiver protein  45.08 
 
 		 144 aa  107  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0544  response regulator receiver protein  45.08 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3486  response regulator receiver protein  45.08 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3329  response regulator receiver protein  43.9 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0543  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544.1  hypothetical protein  45.53 
 
 		 144 aa  104  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1560  response regulator receiver domain-containing protein  42.03 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.126493 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3162  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 142 aa  102  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1420  response regulator receiver protein  38.19 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2451  response regulator receiver  39.26 
 
 		 148 aa  97.1  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.694561  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  36.43 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2528  response regulator receiver protein  35.66 
 
 		 145 aa  92.8  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2540  response regulator receiver protein  32.39 
 
 		 150 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2147  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 153 aa  90.1  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1811  response regulator receiver protein  35.51 
 
 		 153 aa  88.2  4e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.121023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8462  response regulator receiver protein  31.08 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3853  response regulator receiver domain-containing protein  31.11 
 
 		 148 aa  85.1  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  34.33 
 
 		 137 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  36.64 
 
 		 148 aa  83.2  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1124  response regulator receiver protein  32.06 
 
 		 165 aa  83.6  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1578  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.649884  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1704  response regulator receiver  33.33 
 
 		 139 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.635187  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0789  response regulator receiver protein  31.11 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5035  response regulator receiver protein  33.09 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4452  response regulator receiver domain-containing protein  32.17 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2404  response regulator receiver  32.62 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0437246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2989  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.539609  normal  0.704166 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2693  response regulator receiver protein  29.32 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2726  response regulator receiver protein  34.35 
 
 		 145 aa  81.6  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1288  response regulator receiver domain-containing protein  33.58 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0679  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.145382  normal  0.0176538 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1265  response regulator receiver protein  32.58 
 
 		 149 aa  80.5  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2409  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 140 aa  80.1  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3016  response regulator receiver protein  33.57 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3878  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 146 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.205471 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2342  response regulator receiver  30.88 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00382381  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2436  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.287992  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0708  response regulator receiver protein  28.89 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0092  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2690  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0483585  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2734  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.192545  normal  0.228442 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  32.61 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2720  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.227152  normal  0.416438 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4112  response regulator receiver protein  29.86 
 
 		 147 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0554  response regulator receiver protein  32.61 
 
 		 156 aa  78.2  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3248  response regulator receiver  31.43 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.264895  normal  0.0679711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4152  response regulator receiver protein  29.86 
 
 		 147 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.336467 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0163  response regulator receiver domain-containing protein  31.34 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1357  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.463554  normal  0.0634619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0807  response regulator receiver protein  31.79 
 
 		 158 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4222  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3270  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1795  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 153 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.225692 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4413  response regulator receiver protein  29.29 
 
 		 152 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0271352 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4351  response regulator receiver protein  29.29 
 
 		 152 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3142  response regulator receiver protein  33.82 
 
 		 164 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.460947  normal  0.158986 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2566  two component signal transduction response regulator  32.59 
 
 		 151 aa  75.9  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1654  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00207304  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1115  response regulator receiver protein  33.1 
 
 		 149 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2131  response regulator receiver protein  29.93 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.159262  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2153  response regulator receiver protein  33.58 
 
 		 167 aa  75.5  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0689732  normal  0.426146 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0284  response regulator receiver protein  34.81 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0036  response regulator receiver protein  28.67 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1869  response regulator receiver protein  30.37 
 
 		 146 aa  74.7  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.124922  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2664  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 147 aa  74.3  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.213222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5359  response regulator receiver protein  27.94 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0444  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.247834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0315  response regulator receiver protein  34.81 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2794  response regulator receiver protein  33.09 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.531019 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1004  response regulator receiver domain-containing protein  29.93 
 
 		 151 aa  73.9  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000076493 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2532  response regulator receiver protein  29.5 
 
 		 150 aa  73.6  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22950  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  29.01 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.213656 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4470  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1955  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.205931  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4416  response regulator receiver protein  27.74 
 
 		 163 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.499791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1813  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1144  response regulator receiver protein  28.79 
 
 		 150 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497845  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2355  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 153 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3340  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 153 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3060  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.527476  hitchhiker  0.00457067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1283  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0282174 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4332  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4269  response regulator receiver protein  30.56 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.306283 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4344  response regulator receiver domain-containing protein  30.37 
 
 		 146 aa  71.6  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.676678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6521  response regulator receiver protein  29.37 
 
 		 146 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66047  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1757  response regulator receiver  33.33 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.282821  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1008  response regulator  27.48 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2817  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0947814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>