More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3480 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3480  response regulator receiver protein  100 
 
 		 119 aa  236  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0136  response regulator receiver protein  92.86 
 
 		 128 aa  185  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00549799  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0829  response regulator receiver protein  41.3 
 
 		 141 aa  67  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00313002  normal  0.336166 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5595  response regulator receiver protein  37.8 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000316112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3047  two-component response regulator  37.96 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0882292  normal  0.419073 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4971  response regulator receiver and unknown domain protein  40.79 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148199  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1993  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156439  hitchhiker  0.00339677 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1356  two component response regulator  34.12 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.189913  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3681  response regulator receiver  41.86 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3002  response regulator receiver protein  47.69 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.24335  normal  0.317219 
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7056  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4937  response regulator receiver protein  37.66 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0054  response regulator of ato, ornithine decarboxylase antizyme (sensor ATOS)  35.79 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225376 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  41.25 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2169  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23773  normal  0.234658 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1524  response regulator receiver  33.01 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847446  normal  0.544157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0503  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 144 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3765  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3947  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3821  response regulator receiver protein  43.68 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2652  response regulator receiver protein  33.98 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5434  response regulator receiver protein  32.47 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.455605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1029  response regulator receiver protein  26.97 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.451045  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0104  two-component response regulator  33.33 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0412586  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3329  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.9  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0075  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  34.74 
 
 		 227 aa  52.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.124346  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4528  response regulator receiver protein  36.26 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2073  hypothetical protein  41.67 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2396  CheA signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 1832 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6527  response regulator receiver protein  28.87 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498145  normal  0.0582996 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0058  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  32.63 
 
 		 226 aa  52  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000220235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0543  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 144 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 215 aa  51.6  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  43.08 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0234  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.695764  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2083  hypothetical protein  40 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0544  response regulator receiver protein  47.54 
 
 		 144 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1446  response regulator receiver protein  40.51 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1627  response regulator receiver  36 
 
 		 320 aa  50.8  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.307982 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3486  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 149 aa  50.8  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4079  chemotaxis receiver protein  36 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 140 aa  50.4  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2335  response regulator receiver  31.96 
 
 		 146 aa  50.4  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.619064  normal  0.248162 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544.1  hypothetical protein  50 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  32.89 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4655  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.230035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3201  response regulator receiver protein  39.68 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2787  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00139288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  31.73 
 
 		 504 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  36.19 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3512  response regulator receiver domain-containing protein  36.71 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.592796  normal  0.130265 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2432  response regulator, CheY-like  36.99 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3486  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1357  response regulator receiver protein  39.24 
 
 		 148 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.463554  normal  0.0634619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0329  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1447  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 121 aa  48.5  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0067  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2351  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 157 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  42.19 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0297  response regulator receiver protein  30.84 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127858  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1215  response regulator receiver protein  37.31 
 
 		 153 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.125969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3483  response regulator receiver protein  35.64 
 
 		 115 aa  48.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000485228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03243  chemotaxis protein CheY  29.21 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  38.71 
 
 		 531 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4183  two component LuxR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 220 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3028  two-component response regulator  33.33 
 
 		 136 aa  47.8  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0938905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0747  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 232 aa  47.8  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.643618  normal  0.38139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2600  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 202 aa  47.4  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.085671 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 721 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3324  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 143 aa  47  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.43 
 
 		 1442 aa  47  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 130 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2396  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 126 aa  47  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.612966  normal  0.464694 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  27.63 
 
 		 376 aa  46.2  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1341  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 301 aa  47  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 948 aa  46.6  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 397 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 827 aa  46.2  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3779  CheA Signal transduction histidine Kinases (STHK)  34.15 
 
 		 1180 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6057  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.26 
 
 		 217 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2437  chemotaxis response regulator, CheY1  35.63 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.365798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0753  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3622  response regulator receiver protein  35.38 
 
 		 121 aa  45.4  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00707081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1101  response regulator receiver protein  35.63 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.956043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2269  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 130 aa  45.4  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.740525  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1263  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1636  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 465 aa  45.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3513  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.126367  normal  0.123274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3676  response regulator receiver  31.78 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2393  response regulator receiver protein  34.72 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6557  chemotaxis protein cheY  31.78 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.803572  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2361  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  29.52 
 
 		 196 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3374  response regulator receiver domain-containing protein  30.43 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1003  response regulator receiver protein  34.12 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>