215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1029 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1029  response regulator receiver protein  100 
 
 		 127 aa  260  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.451045  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4971  response regulator receiver and unknown domain protein  33.87 
 
 		 137 aa  72  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148199  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0829  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00313002  normal  0.336166 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3047  two-component response regulator  31.01 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0882292  normal  0.419073 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5595  response regulator receiver protein  25.81 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000316112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6527  response regulator receiver protein  25.2 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498145  normal  0.0582996 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0136  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00549799  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1993  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156439  hitchhiker  0.00339677 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1314  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0154  response regulator receiver protein  30 
 
 		 130 aa  60.1  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0054  response regulator of ato, ornithine decarboxylase antizyme (sensor ATOS)  26.52 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225376 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2284  response regulator receiver protein  28.23 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1955  response regulator receiver protein  27.5 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1356  two component response regulator  27.87 
 
 		 136 aa  57  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.189913  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3028  two-component response regulator  28.91 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0938905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5434  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.455605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0104  two-component response regulator  30.4 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0412586  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1627  response regulator receiver  29.51 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.307982 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2393  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3480  response regulator receiver protein  26.97 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3547  response regulator receiver protein  30 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  27.34 
 
 		 376 aa  53.9  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2335  response regulator receiver  30.23 
 
 		 146 aa  53.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.619064  normal  0.248162 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0605  adenylate/guanylate cyclase  36.11 
 
 		 355 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.657653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 140 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2432  response regulator, CheY-like  25.95 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3216  two-component response regulator, CheY-like  27.64 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233496  normal  0.450794 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4937  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 136 aa  51.6  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1524  response regulator receiver  29.77 
 
 		 135 aa  50.1  0.000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847446  normal  0.544157 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0334  response regulator receiver protein  29.75 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00357504  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0922  response regulator protein  27.5 
 
 		 327 aa  48.5  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3681  response regulator receiver  28.04 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2976  response regulator receiver protein  38.96 
 
 		 133 aa  47.4  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3311  response regulator receiver protein  34.25 
 
 		 122 aa  47.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1977  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 265 aa  47.4  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0223  histidine kinase  33.33 
 
 		 647 aa  47.4  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3921  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 808 aa  47  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3808  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 808 aa  47  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0284545  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2302  response regulator receiver domain-containing protein  31.07 
 
 		 127 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2600  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 202 aa  47  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.085671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1538  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 235 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45485  ethylene receptor 1  26.77 
 
 		 833 aa  45.8  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.454805  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0765  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 130 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.474534  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2920  response regulator receiver protein  27.87 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.525877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1583  chemotaxis response regulator, CheY3  29.27 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00144899  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1034  response regulator receiver domain-containing protein  25.83 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.114962  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0372  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 141 aa  45.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0420195 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2297  putative PAS/PAC sensor protein  34.78 
 
 		 484 aa  45.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0617558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0235  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  30 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 310 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2350  putative PAS/PAC sensor protein  31.52 
 
 		 450 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0332  chemotaxis protein CheA  34.29 
 
 		 769 aa  44.7  0.0005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1530  CheA signal transduction histidine kinases  29.46 
 
 		 803 aa  44.3  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 306 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2834  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 		 808 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.83958  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1687  chemotaxis protein CheA  34.29 
 
 		 769 aa  44.3  0.0005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2787  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 141 aa  44.7  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00139288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.73 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4035  response regulator receiver protein  30 
 
 		 121 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.52498  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 306 aa  44.3  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3002  response regulator receiver protein  27.56 
 
 		 144 aa  44.3  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.24335  normal  0.317219 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 		 801 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3710  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.33 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3793  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3736  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.279002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0532  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3919  response regulator receiver protein  27.42 
 
 		 331 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1010  chemotaxis protein CheY  24.37 
 
 		 124 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.71 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 858 aa  43.9  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.03 
 
 		 308 aa  43.9  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0570  response regulator  28.12 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2074  response regulator receiver protein  29.89 
 
 		 143 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0572  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3458  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0571  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3305  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.12 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.426695  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1243  response regulator receiver domain-containing protein  30.53 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.253807 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0310  chemotaxis protein CheA  32.86 
 
 		 769 aa  43.9  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.560249  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1333  response regulator receiver protein  25 
 
 		 117 aa  43.5  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2268  response regulator receiver protein  28 
 
 		 145 aa  43.9  0.0009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.1 
 
 		 456 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02766  histidine kinase  25.2 
 
 		 849 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3302  chemotaxis response regulator, CheY4  30 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  27.59 
 
 		 137 aa  42.7  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0902  response regulator receiver domain-containing protein  26.67 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.308515  decreased coverage  0.000000063687 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1369  chemotaxis protein CheA  33.33 
 
 		 770 aa  43.5  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1691  CheA signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 878 aa  42.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3836  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 338 aa  43.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3990  response regulator receiver protein  25.2 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.27172  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3910  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.867729 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0263  response regulator receiver protein  30 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.419062 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 309 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2513  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.321661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0533  response regulator receiver  25.62 
 
 		 331 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0246  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  33.33 
 
 		 469 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.487777  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1874  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 		 575 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.807127  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>