More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3910 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3910  response regulator receiver protein  100 
 
 		 132 aa  253  5e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.867729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4605  response regulator receiver domain-containing protein  43.8 
 
 		 149 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2047  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 127 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0768  response regulator receiver protein  43.59 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3300  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 127 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.420279 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2284  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  38.94 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1417  two component Fis family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 492 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2738  response regulator receiver domain-containing protein  35.25 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000186206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70790  putative two-component response regulator  31.9 
 
 		 300 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.864147 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 803 aa  57.4  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 256 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  31.78 
 
 		 344 aa  57  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2212  chemotaxis protein CheY  30.84 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9098  bacteriophytochrome protein  39.82 
 
 		 378 aa  56.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.384054  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2302  response regulator receiver domain-containing protein  31.45 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.4 
 
 		 434 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6143  putative two-component response regulator  31.9 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  35.9 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.4 
 
 		 434 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  30.28 
 
 		 322 aa  55.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0184  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2735  response regulator receiver domain-containing protein  39.13 
 
 		 242 aa  55.1  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.284606  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3693  histidine kinase  31.43 
 
 		 667 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  31.93 
 
 		 252 aa  55.1  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  32.17 
 
 		 230 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0922  response regulator protein  30.43 
 
 		 327 aa  54.3  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  31.93 
 
 		 252 aa  54.3  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3136  response regulator receiver protein  28.74 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0750  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0765  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.626658 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2709  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 501 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.710197  normal  0.745824 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0999  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 872 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 247 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  36.21 
 
 		 264 aa  53.5  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4402  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 280 aa  53.5  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2406  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  27.83 
 
 		 275 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 247 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2327  ATP-binding region ATPase domain protein  33.33 
 
 		 758 aa  53.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 1154 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  33.33 
 
 		 243 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00070  Two-component system response regulator RpfG  31.43 
 
 		 353 aa  52.8  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0844737  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0150  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 300 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.97 
 
 		 237 aa  52.8  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.35 
 
 		 719 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  35.35 
 
 		 719 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5610  response regulator receiver domain-containing protein  29.51 
 
 		 318 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 204 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2985  fused histidine kinase sensor/response regulator  27.35 
 
 		 1121 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.446873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 247 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  34.43 
 
 		 248 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.31 
 
 		 251 aa  52  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4840  two-component response regulator PilR  29.91 
 
 		 448 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43512  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5371  response regulator receiver protein  28.8 
 
 		 296 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 276 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5232  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 294 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.240509 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 265 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5324  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 296 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0104194 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4431  response regulator receiver domain-containing protein  28.7 
 
 		 125 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1373  DNA-binding response regulator  33.9 
 
 		 300 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.648551  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3595  response regulator receiver  33.05 
 
 		 120 aa  51.2  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5216  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 1001 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  35.54 
 
 		 248 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1258  two component Fis family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 486 aa  50.8  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  31.25 
 
 		 275 aa  51.2  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0539  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 816 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146269  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 250 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  33.62 
 
 		 248 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1386  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1358  response regulator  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 262 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 250 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48520  phosphate regulon response regulator; PhoB  29.31 
 
 		 229 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0667889  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  30.48 
 
 		 250 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.77 
 
 		 275 aa  50.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  29.06 
 
 		 261 aa  50.4  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1117  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 770 aa  50.4  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0399  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.52 
 
 		 384 aa  50.4  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0458  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 384 aa  50.4  0.000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  31.93 
 
 		 1179 aa  50.4  0.000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1924  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.04 
 
 		 225 aa  50.4  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 509 aa  50.1  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1223  anti-sigma-factor antagonist  32.5 
 
 		 271 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.068542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  31.58 
 
 		 393 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2448  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  32.46 
 
 		 393 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.760608  hitchhiker  0.00120668 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.11 
 
 		 934 aa  50.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 243 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.11 
 
 		 955 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2804  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 494 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202391  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1426  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 288 aa  50.1  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1785  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0637089  normal  0.834554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 269 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>