More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4605 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4605  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 149 aa  295  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2047  response regulator receiver protein  57.14 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0768  response regulator receiver protein  56.91 
 
 		 127 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3300  response regulator receiver protein  54.33 
 
 		 127 aa  120  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.420279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3910  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 132 aa  91.7  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.867729 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2284  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 121 aa  91.3  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1889  response regulator receiver domain-containing protein  38.94 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1034  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.114962  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0325  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314809  normal  0.535249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2317  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 120 aa  69.3  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.357454  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  38.32 
 
 		 344 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3334  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3595  response regulator receiver  36.21 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1263  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1998  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 120 aa  67  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0614  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 346 aa  67  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000792989 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4999  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 120 aa  67  0.00000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0976  anti-sigma-factor antagonist  34.15 
 
 		 237 aa  67  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 509 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3444  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1587  response regulator  36.8 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.458847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 457 aa  65.1  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0246  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  34.55 
 
 		 469 aa  64.7  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.487777  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 212 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  34.86 
 
 		 322 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3467  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0217  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.410028  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0435  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 383 aa  64.3  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1205  CheY response regulator  35.77 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.310964  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0224  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 379 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3634  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 379 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261897  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2247  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.135382  normal  0.142459 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.07 
 
 		 364 aa  63.5  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3725  CheC, inhibitor of MCP methylation  40.38 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3242  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 		 980 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1417  two component Fis family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 492 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 653 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4220  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 642 aa  62.8  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3168  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000557514  normal  0.634749 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  37.39 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  29 
 
 		 1022 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1269  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 359 aa  62.4  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.324523 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1657  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 459 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000574549  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0913  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.348072  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30870  response regulator with CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains  32.48 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  39.82 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3739  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 379 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  37.72 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  37.72 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1785  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0637089  normal  0.834554 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 826 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 457 aa  61.6  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 221 aa  61.6  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1039  response regulator  39.42 
 
 		 334 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0160  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 126 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2061  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 224 aa  62  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2606  CheC, inhibitor of MCP methylation  39.81 
 
 		 342 aa  62  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00328703  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 628 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0459  regulator of pathogenicity factors  35.43 
 
 		 717 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0400  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 717 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.04 
 
 		 934 aa  61.6  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1847  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  37.6 
 
 		 372 aa  61.6  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.705767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2130  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 239 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 		 567 aa  61.2  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0087  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5511  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0318397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  36.84 
 
 		 248 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0824  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 244 aa  61.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  33.93 
 
 		 715 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4958  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382884  normal  0.0760928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.23 
 
 		 739 aa  60.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.61 
 
 		 465 aa  60.8  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2739  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 451 aa  60.8  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.693002  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 515 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 		 1309 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2107  response regulator  37.61 
 
 		 184 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131412  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 318 aa  60.8  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1495  response regulator  37.19 
 
 		 208 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000357944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 457 aa  60.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0522  response regulator receiver domain-containing protein  37.17 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  33.02 
 
 		 394 aa  60.8  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  33 
 
 		 906 aa  60.8  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.5 
 
 		 389 aa  60.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1819  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 121 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 501 aa  60.8  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  33.04 
 
 		 277 aa  60.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.46 
 
 		 480 aa  60.5  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  32.08 
 
 		 368 aa  60.5  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1415  response regulator  37.61 
 
 		 208 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0114828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  35.54 
 
 		 248 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2642  response regulator receiver protein  31.88 
 
 		 140 aa  60.8  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0431701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4549  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0252334  normal  0.61339 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2550  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 		 685 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1215  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.78 
 
 		 471 aa  60.5  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5173  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00428361  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5686  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280105  decreased coverage  0.000257331 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 870 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>