More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4958 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5511  response regulator receiver protein  100 
 
 		 122 aa  244  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0318397 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4958  response regulator receiver protein  100 
 
 		 122 aa  244  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382884  normal  0.0760928 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4549  response regulator receiver protein  98.36 
 
 		 122 aa  242  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0252334  normal  0.61339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5173  response regulator receiver protein  98.36 
 
 		 122 aa  242  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00428361  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5686  response regulator receiver protein  98.36 
 
 		 122 aa  242  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280105  decreased coverage  0.000257331 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3168  response regulator receiver protein  96.72 
 
 		 122 aa  239  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000557514  normal  0.634749 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0012  response regulator receiver protein  95.9 
 
 		 122 aa  236  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0723201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1495  response regulator  92.56 
 
 		 208 aa  226  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000357944  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1415  response regulator  92.56 
 
 		 208 aa  226  9e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0114828  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2107  response regulator  92.56 
 
 		 184 aa  225  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131412  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2365  response regulator  92.56 
 
 		 122 aa  226  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0507546  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2401  response regulator  92.56 
 
 		 122 aa  225  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1135  response regulator  92.56 
 
 		 122 aa  225  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00129352  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3281  response regulator  92.56 
 
 		 122 aa  225  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0546093  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7024  response regulator receiver protein  84.3 
 
 		 122 aa  213  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228945  hitchhiker  0.00000126596 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3167  response regulator  91.38 
 
 		 117 aa  213  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0007  response regulator receiver domain-containing protein  85.12 
 
 		 122 aa  213  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0579548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4143  response regulator receiver protein  81.15 
 
 		 122 aa  208  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0678  response regulator  62.81 
 
 		 122 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0787  response regulator  62.81 
 
 		 122 aa  159  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.54167  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1201  response regulator  62.81 
 
 		 122 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2404  response regulator  62.81 
 
 		 122 aa  157  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1124  response regulator  62.81 
 
 		 122 aa  157  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706224  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1587  response regulator  61.98 
 
 		 122 aa  156  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.458847  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3710  CheC, inhibitor of MCP methylation  56.67 
 
 		 331 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3136  CheC, inhibitor of MCP methylation  53.33 
 
 		 335 aa  140  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.823332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3511  CheC, inhibitor of MCP methylation  51.67 
 
 		 331 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0622  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 331 aa  137  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3836  response regulator receiver protein  47.54 
 
 		 338 aa  136  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4328  CheC, inhibitor of MCP methylation  50.83 
 
 		 331 aa  135  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0533  response regulator receiver  50 
 
 		 331 aa  135  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0453  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 331 aa  135  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2606  CheC, inhibitor of MCP methylation  54.55 
 
 		 342 aa  134  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00328703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1379  CheC, inhibitor of MCP methylation  51.69 
 
 		 330 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0570  response regulator  49.17 
 
 		 331 aa  131  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3305  CheC, inhibitor of MCP methylation  49.17 
 
 		 331 aa  131  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.426695  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0571  response regulator receiver protein  49.17 
 
 		 331 aa  131  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0572  response regulator receiver protein  49.17 
 
 		 331 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3458  response regulator receiver protein  49.17 
 
 		 331 aa  131  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0902  response regulator receiver domain-containing protein  50.83 
 
 		 121 aa  131  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.308515  decreased coverage  0.000000063687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3793  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 331 aa  130  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0532  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 331 aa  130  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3919  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 331 aa  130  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3736  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 331 aa  130  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.279002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3725  CheC, inhibitor of MCP methylation  53.78 
 
 		 333 aa  126  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2547  response regulator  51.67 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0601  response regulator  50 
 
 		 121 aa  123  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  45.9 
 
 		 376 aa  122  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03705  response regulator  47.62 
 
 		 339 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0886  response regulator receiver  49.17 
 
 		 334 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0841257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1039  response regulator  50 
 
 		 334 aa  114  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4295  putative chemotaxis response regulator CheY  45.69 
 
 		 117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0656187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0614  response regulator receiver protein  45.08 
 
 		 346 aa  111  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000792989 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06228  hypothetical protein  44.44 
 
 		 334 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000474  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  43.59 
 
 		 334 aa  107  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03100  response regulator  46.61 
 
 		 331 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.303898  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1087  response regulator  43.1 
 
 		 334 aa  105  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.164702  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0601  putative response regulator  43.33 
 
 		 344 aa  104  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  39.5 
 
 		 344 aa  101  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  39.83 
 
 		 322 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03337  putative response regulator with Chemotaxis-specific methylesterase domain  41.67 
 
 		 132 aa  97.8  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0922  response regulator protein  38.79 
 
 		 327 aa  91.7  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01457  response regulator  41.18 
 
 		 121 aa  89.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0955  response regulator receiver protein  40.17 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0928  response regulator receiver protein  40.17 
 
 		 125 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1059  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0577913  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3314  response regulator receiver protein  43.52 
 
 		 124 aa  83.6  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1980  response regulator receiver  35.85 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1438  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 118 aa  77.4  0.00000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0726214  normal  0.0482802 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1034  response regulator receiver domain-containing protein  39.66 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.114962  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0334  response regulator receiver protein  35.43 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00357504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4223  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.848837 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0087  response regulator receiver protein  35.51 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0394  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  37.5 
 
 		 352 aa  68.2  0.00000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000553759  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 250 aa  68.2  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3207  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 124 aa  67  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.138724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.58 
 
 		 250 aa  66.6  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1977  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3195  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 121 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.595667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 1313 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2247  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.135382  normal  0.142459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5042  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.6 
 
 		 1309 aa  63.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 300 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4992  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162705  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1885  response regulator receiver protein  27.83 
 
 		 1066 aa  63.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166704  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4866  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.638507  normal  0.0288736 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0913  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.348072  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0217  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 122 aa  62  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.410028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1744  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 		 376 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000105238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 216 aa  62  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1248  response regulator receiver protein  33.66 
 
 		 118 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1847  CheA signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 934 aa  62  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.379526 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  28.45 
 
 		 1084 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1417  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  33.93 
 
 		 365 aa  61.6  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.433973 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0196  response regulator receiver and unknown domain protein  35.96 
 
 		 225 aa  62  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2019  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2684  response regulator receiver domain-containing protein  33.04 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.183474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>