More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2547 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2547  response regulator  100 
 
 		 121 aa  244  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0601  response regulator  61.16 
 
 		 121 aa  148  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01457  response regulator  52.89 
 
 		 121 aa  127  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0902  response regulator receiver domain-containing protein  53.72 
 
 		 121 aa  126  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.308515  decreased coverage  0.000000063687 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4958  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382884  normal  0.0760928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5511  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0318397 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0012  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0723201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4143  response regulator receiver protein  50 
 
 		 122 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0007  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0579548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5173  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00428361  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5686  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280105  decreased coverage  0.000257331 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4549  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0252334  normal  0.61339 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3168  response regulator receiver protein  50 
 
 		 122 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000557514  normal  0.634749 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2401  response regulator  50.83 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2107  response regulator  50.83 
 
 		 184 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131412  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1135  response regulator  50.83 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00129352  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3281  response regulator  50.83 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0546093  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7024  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 122 aa  120  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228945  hitchhiker  0.00000126596 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1415  response regulator  50.83 
 
 		 208 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0114828  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1495  response regulator  50.83 
 
 		 208 aa  120  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000357944  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2365  response regulator  50.83 
 
 		 122 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0507546  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3136  CheC, inhibitor of MCP methylation  48.76 
 
 		 335 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.823332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0533  response regulator receiver  46.28 
 
 		 331 aa  118  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0622  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3793  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3736  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.279002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0532  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3919  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  50.83 
 
 		 376 aa  117  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3511  CheC, inhibitor of MCP methylation  45.45 
 
 		 331 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0453  response regulator receiver protein  47.11 
 
 		 331 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3710  CheC, inhibitor of MCP methylation  46.28 
 
 		 331 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4328  CheC, inhibitor of MCP methylation  46.28 
 
 		 331 aa  114  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0570  response regulator  46.28 
 
 		 331 aa  114  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3305  CheC, inhibitor of MCP methylation  46.28 
 
 		 331 aa  114  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.426695  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0572  response regulator receiver protein  46.28 
 
 		 331 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3458  response regulator receiver protein  46.28 
 
 		 331 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0571  response regulator receiver protein  46.28 
 
 		 331 aa  114  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3167  response regulator  50.88 
 
 		 117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0678  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1201  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0787  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.54167  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2404  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  110  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1124  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  110  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3725  CheC, inhibitor of MCP methylation  45.76 
 
 		 333 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3836  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 338 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1379  CheC, inhibitor of MCP methylation  47.01 
 
 		 330 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0886  response regulator receiver  46.22 
 
 		 334 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0841257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1587  response regulator  47.5 
 
 		 122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.458847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1039  response regulator  45.38 
 
 		 334 aa  104  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03100  response regulator  51.35 
 
 		 331 aa  103  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.303898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4295  putative chemotaxis response regulator CheY  47.83 
 
 		 117 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0656187  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000474  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  46.09 
 
 		 334 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0601  putative response regulator  44.35 
 
 		 344 aa  100  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4223  response regulator receiver protein  46.85 
 
 		 321 aa  99.4  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.848837 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06228  hypothetical protein  44.35 
 
 		 334 aa  98.2  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0614  response regulator receiver protein  43.33 
 
 		 346 aa  95.9  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000792989 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1087  response regulator  43.48 
 
 		 334 aa  94.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.164702  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2606  CheC, inhibitor of MCP methylation  42.5 
 
 		 342 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00328703  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03337  putative response regulator with Chemotaxis-specific methylesterase domain  40.5 
 
 		 132 aa  88.2  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1059  response regulator receiver protein  37.84 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0577913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  44.12 
 
 		 322 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  41.12 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03705  response regulator  38.61 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0922  response regulator protein  38.94 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1980  response regulator receiver  39.29 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0955  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0928  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1438  response regulator receiver protein  40.95 
 
 		 118 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0726214  normal  0.0482802 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1034  response regulator receiver domain-containing protein  43.27 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.114962  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2247  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.135382  normal  0.142459 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3314  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.74 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3603  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.656399  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.27 
 
 		 498 aa  68.2  0.00000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3542  PAS sensor protein  37.21 
 
 		 656 aa  67  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.11869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1977  response regulator receiver protein  33.01 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0452  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.17051  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1794  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0467  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0087  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 123 aa  63.5  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3634  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 		 379 aa  63.5  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261897  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0656  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  36.36 
 
 		 346 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000622897 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1407  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.926591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1642  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 406 aa  62  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.905013  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.76 
 
 		 257 aa  62  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1938  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0751  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 485 aa  62  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0880271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.58 
 
 		 738 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3402  response regulator receiver domain-containing protein  41.82 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.219481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2571  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 406 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.156881 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.26 
 
 		 461 aa  61.6  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1203  response regulator of chemotaxis  34.78 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.266578  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1833  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.23 
 
 		 460 aa  60.8  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.248577  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1321  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1408  two component transcriptional regulator  34.26 
 
 		 232 aa  61.2  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 717 aa  61.2  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3739  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.84 
 
 		 379 aa  60.8  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 259 aa  60.5  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1885  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 1066 aa  60.5  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.166704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>