More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0453 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0622  response regulator receiver protein  94.56 
 
 		 331 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0453  response regulator receiver protein  100 
 
 		 331 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4328  CheC, inhibitor of MCP methylation  92.75 
 
 		 331 aa  631  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0570  response regulator  88.22 
 
 		 331 aa  608  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0572  response regulator receiver protein  87.92 
 
 		 331 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3458  response regulator receiver protein  87.92 
 
 		 331 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0571  response regulator receiver protein  88.22 
 
 		 331 aa  609  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3736  response regulator receiver protein  87.61 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.279002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3919  response regulator receiver protein  87.61 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3305  CheC, inhibitor of MCP methylation  87.61 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.426695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0532  response regulator receiver protein  87.61 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3793  response regulator receiver protein  87.31 
 
 		 331 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3710  CheC, inhibitor of MCP methylation  87.31 
 
 		 331 aa  599  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3511  CheC, inhibitor of MCP methylation  83.99 
 
 		 331 aa  590  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0533  response regulator receiver  84.29 
 
 		 331 aa  586  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3136  CheC, inhibitor of MCP methylation  84.08 
 
 		 335 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.823332  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  52.13 
 
 		 376 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3725  CheC, inhibitor of MCP methylation  50.45 
 
 		 333 aa  340  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1379  CheC, inhibitor of MCP methylation  51.2 
 
 		 330 aa  334  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2606  CheC, inhibitor of MCP methylation  48.83 
 
 		 342 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00328703  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03100  response regulator  49.54 
 
 		 331 aa  333  3e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.303898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1039  response regulator  50.45 
 
 		 334 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0886  response regulator receiver  49.55 
 
 		 334 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0841257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0614  response regulator receiver protein  46.87 
 
 		 346 aa  323  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000792989 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3836  response regulator receiver protein  45.65 
 
 		 338 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000474  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  48.5 
 
 		 334 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06228  hypothetical protein  47.06 
 
 		 334 aa  308  6.999999999999999e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1087  response regulator  45.83 
 
 		 334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.164702  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03705  response regulator  46.83 
 
 		 339 aa  303  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0601  putative response regulator  45.83 
 
 		 344 aa  301  9e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0393  CheC, inhibitor of MCP methylation  50.52 
 
 		 203 aa  202  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0922  response regulator protein  36.56 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  31.87 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0902  response regulator receiver domain-containing protein  61.16 
 
 		 121 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.308515  decreased coverage  0.000000063687 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  29.47 
 
 		 344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4143  response regulator receiver protein  56.67 
 
 		 122 aa  149  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0678  response regulator  59.17 
 
 		 122 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1201  response regulator  59.17 
 
 		 122 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0787  response regulator  59.17 
 
 		 122 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.54167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1124  response regulator  59.17 
 
 		 122 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706224  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2404  response regulator  59.17 
 
 		 122 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1587  response regulator  57.5 
 
 		 122 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.458847  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3168  response regulator receiver protein  52.5 
 
 		 122 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000557514  normal  0.634749 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7024  response regulator receiver protein  52.5 
 
 		 122 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228945  hitchhiker  0.00000126596 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0012  response regulator receiver protein  53.33 
 
 		 122 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0723201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2365  response regulator  52.5 
 
 		 122 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0507546  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4549  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0252334  normal  0.61339 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2401  response regulator  52.5 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2107  response regulator  52.5 
 
 		 184 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131412  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1135  response regulator  52.5 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00129352  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3281  response regulator  52.5 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0546093  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5173  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00428361  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5686  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 122 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280105  decreased coverage  0.000257331 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1495  response regulator  52.5 
 
 		 208 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000357944  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1415  response regulator  52.5 
 
 		 208 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0114828  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5511  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 122 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0318397 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4958  response regulator receiver protein  50.83 
 
 		 122 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382884  normal  0.0760928 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0007  response regulator receiver domain-containing protein  50.83 
 
 		 122 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0579548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3167  response regulator  53.04 
 
 		 117 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4295  putative chemotaxis response regulator CheY  49.57 
 
 		 117 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0656187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2547  response regulator  47.11 
 
 		 121 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7025  CheC, inhibitor of MCP methylation  36.63 
 
 		 207 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  hitchhiker  0.00000149745 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0601  response regulator  46.28 
 
 		 121 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0008  CheC, inhibitor of MCP methylation  36.1 
 
 		 207 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0503368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4142  CheC, inhibitor of MCP methylation  35.64 
 
 		 207 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.394347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4294  putative chemotaxis protein  30.15 
 
 		 202 aa  102  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151857  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03337  putative response regulator with Chemotaxis-specific methylesterase domain  42.98 
 
 		 132 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4223  response regulator receiver protein  26.85 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.848837 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3169  CheC, inhibitor of MCP methylation  32.67 
 
 		 204 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00476389  normal  0.663218 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1059  response regulator receiver protein  43.36 
 
 		 127 aa  92  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0577913  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1586  CheC family protein  28.71 
 
 		 203 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.660334  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1125  CheC family phosphatase  28.22 
 
 		 203 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.389537  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0679  CheC family protein  28.22 
 
 		 203 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.693882  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0087  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 123 aa  90.5  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1202  CheC family phosphatase  28.22 
 
 		 206 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1438  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 118 aa  89.7  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0726214  normal  0.0482802 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01457  response regulator  41.8 
 
 		 121 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2364  CheC family protein  34.24 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0490771  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0013  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.66 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4550  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.5 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0686054  normal  0.488561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5174  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.5 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.65047  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5685  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.5 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.74554  hitchhiker  0.00173669 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1034  response regulator receiver domain-containing protein  42.98 
 
 		 120 aa  84  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.114962  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0955  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0928  response regulator receiver protein  40.71 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5510  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.67 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.835873  normal  0.0567884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4957  CheC, inhibitor of MCP methylation  34.18 
 
 		 211 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632549  normal  0.0769169 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2106  hypothetical protein  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3166  CheC family phosphatase  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1494  response regulator  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00101274  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1134  CheC family phosphatase  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00229165  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3280  CheC family phosphatase  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0228974  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1414  CheC family phosphatase  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0704685  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2400  CheC family phosphatase  34.24 
 
 		 207 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188892  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3314  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 124 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2405  CheC family protein  26.52 
 
 		 182 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2546  hypothetical protein  27.5 
 
 		 190 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1980  response regulator receiver  38.39 
 
 		 126 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01456  hypothetical protein  28.12 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.19 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>