109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2546 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2546  hypothetical protein  100 
 
 		 190 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01456  hypothetical protein  51.34 
 
 		 194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0602  hypothetical protein  35.75 
 
 		 194 aa  131  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0393  CheC, inhibitor of MCP methylation  31.12 
 
 		 203 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.230899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1586  CheC family protein  33.5 
 
 		 203 aa  104  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.660334  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0679  CheC family protein  34 
 
 		 203 aa  104  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.693882  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1125  CheC family phosphatase  34 
 
 		 203 aa  104  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.389537  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1202  CheC family phosphatase  34 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0008  CheC, inhibitor of MCP methylation  32 
 
 		 207 aa  94.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0503368  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4294  putative chemotaxis protein  30.81 
 
 		 202 aa  93.2  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151857  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7025  CheC, inhibitor of MCP methylation  30.69 
 
 		 207 aa  92  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.233197  hitchhiker  0.00000149745 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03100  response regulator  30 
 
 		 331 aa  90.9  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.303898  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4142  CheC, inhibitor of MCP methylation  33.82 
 
 		 207 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.394347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  30.05 
 
 		 376 aa  89  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3169  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.95 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00476389  normal  0.663218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3136  CheC, inhibitor of MCP methylation  28 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.823332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3725  CheC, inhibitor of MCP methylation  30.57 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3511  CheC, inhibitor of MCP methylation  27.84 
 
 		 331 aa  82  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0453  response regulator receiver protein  27.5 
 
 		 331 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.986392 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2405  CheC family protein  31.49 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0532  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 331 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3919  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 331 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3736  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 331 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.279002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3793  response regulator receiver protein  27.78 
 
 		 331 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3305  CheC, inhibitor of MCP methylation  27.78 
 
 		 331 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.426695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4328  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.53 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0570  response regulator  27.27 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0622  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3710  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.12 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1439  CheC, inhibitor of MCP methylation  26.44 
 
 		 207 aa  77.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0815447  normal  0.0545978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0572  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 331 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3458  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 331 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0571  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 331 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3836  response regulator receiver protein  24.06 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0533  response regulator receiver  28.65 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0886  response regulator receiver  28.88 
 
 		 334 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0841257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2940  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.35 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5510  CheC, inhibitor of MCP methylation  30.39 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.835873  normal  0.0567884 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2364  CheC family protein  30.73 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0490771  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5174  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.41 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.65047  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5685  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.41 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.74554  hitchhiker  0.00173669 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4550  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.41 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0686054  normal  0.488561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1039  response regulator  28.12 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03705  response regulator  27.38 
 
 		 339 aa  72.4  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4957  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.9 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632549  normal  0.0769169 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1035  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.58 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.173726  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0013  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.41 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1981  hypothetical protein  27.66 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2106  hypothetical protein  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745588  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1494  response regulator  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00101274  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1134  CheC family phosphatase  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00229165  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1414  CheC family phosphatase  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0704685  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3280  CheC family phosphatase  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0228974  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3166  CheC family phosphatase  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2400  CheC family phosphatase  31.25 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188892  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0601  putative response regulator  27.18 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0621  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.62 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.123197  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0614  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 346 aa  64.3  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000792989 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0635  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.62 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53409e-28 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2606  CheC, inhibitor of MCP methylation  26.56 
 
 		 342 aa  62.4  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00328703  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0086  CheC, inhibitor of MCP methylation  31.43 
 
 		 212 aa  62  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1058  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.24 
 
 		 223 aa  62  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0684423  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3315  CheC, inhibitor of MCP methylation  27.59 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3527  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.77 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2283  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.99 
 
 		 219 aa  57.8  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1087  response regulator  26.02 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.164702  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1379  CheC, inhibitor of MCP methylation  25 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1335  CheC, inhibitor of MCP methylation  28.64 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.106357  normal  0.431859 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0335  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.12 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0186291  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06228  hypothetical protein  26.02 
 
 		 334 aa  54.7  0.0000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000474  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  26.02 
 
 		 334 aa  54.7  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2248  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.87 
 
 		 208 aa  54.3  0.0000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.194157  normal  0.143894 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0023  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.2 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167071  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0023  CheC, inhibitor of MCP methylation  29.2 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.682012  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0720  CheC, inhibitor of MCP methylation  31.91 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000923391  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4614  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.34 
 
 		 217 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2685  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.31 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.190355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1888  CheC, inhibitor of MCP methylation  22.77 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380829  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4604  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.14 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.517072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3299  CheC, inhibitor of MCP methylation  22.17 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.450001 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0769  CheC, inhibitor of MCP methylation  23.28 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.614105  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0802  CheC, inhibitor of MCP methylation  22.75 
 
 		 213 aa  49.3  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2020  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.77 
 
 		 201 aa  48.9  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  21.59 
 
 		 322 aa  48.9  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  21.02 
 
 		 344 aa  48.5  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0876  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.85 
 
 		 208 aa  48.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2046  CheC, inhibitor of MCP methylation  23.24 
 
 		 213 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00092388 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3200  chemotaxis protein CheC  27.27 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0805  flagellar motor switch protein  25.57 
 
 		 395 aa  47  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0443911 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0492  CheC, inhibitor of MCP methylation  23.33 
 
 		 206 aa  47  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3210  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.38 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000255077 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2688  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.39 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3765  CheC, inhibitor of MCP methylation  25.67 
 
 		 331 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.223383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1666  CheC, inhibitor of MCP methylation  27.94 
 
 		 205 aa  45.4  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0231538  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0381  CheC, inhibitor of MCP methylation  24 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1739  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.29 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1433  CheC, inhibitor of MCP methylation  27.56 
 
 		 205 aa  45.1  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1855  CheC, inhibitor of MCP methylation  24.39 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0862  CheC, inhibitor of MCP methylation  22.11 
 
 		 398 aa  44.7  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07630  CheC, inhibitor of MCP methylation  23.19 
 
 		 207 aa  45.1  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00028074  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>