More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9098 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9098  bacteriophytochrome protein  100 
 
 
378 aa  763    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.384054  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5356  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  52.19 
 
 
377 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.940445 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2075  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
572 aa  283  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3767  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
587 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.634012  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2448  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  41.48 
 
 
393 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.760608  hitchhiker  0.00120668 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  40.71 
 
 
393 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  40.26 
 
 
544 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  40.15 
 
 
404 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.75 
 
 
408 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.6 
 
 
408 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.95 
 
 
408 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2802  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.39 
 
 
406 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2145  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
408 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.1 
 
 
375 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0172  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 
395 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2590  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
405 aa  239  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.413696 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
390 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
375 aa  236  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1070  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 
402 aa  235  9e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0134  histidine kinase  37.89 
 
 
547 aa  232  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.93 
 
 
382 aa  229  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.67 
 
 
382 aa  228  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.9 
 
 
1152 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.89 
 
 
866 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 
392 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0585  ATP-binding region ATPase domain protein  36.68 
 
 
528 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.215545  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4249  ATP-binding region ATPase domain protein  33.96 
 
 
374 aa  222  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 
370 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5296  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.03 
 
 
776 aa  210  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4781  signal transduction histidine kinase  44.13 
 
 
356 aa  209  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 
776 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.103963 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3693  histidine kinase  32.98 
 
 
667 aa  206  6e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6238  histidine kinase  34.32 
 
 
519 aa  205  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.547868  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0286  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 
424 aa  199  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.136894  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3275  PAS sensor protein  42.5 
 
 
1015 aa  198  1.0000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1295  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.3 
 
 
1223 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0981526  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1740  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
377 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1750  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.02 
 
 
660 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.1 
 
 
1287 aa  193  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0324  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.41 
 
 
424 aa  192  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.046409  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0539  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 
816 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146269  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1658  histidine kinase  43.07 
 
 
518 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.98 
 
 
1084 aa  189  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 
869 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0570546 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6537  histidine kinase  45.45 
 
 
742 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.02 
 
 
730 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.996582  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
938 aa  186  6e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0091  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.73 
 
 
930 aa  186  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00954137  normal  0.993222 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  36.96 
 
 
884 aa  186  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5081  PAS  41.6 
 
 
659 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.803763  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1671  histidine kinase  44.39 
 
 
755 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408129  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  56.57 
 
 
507 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1601  CheB methylesterase, CheR methyltransferase, hybrid histidine kinase  40.47 
 
 
1222 aa  182  9.000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.472526  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 
383 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
1002 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2875  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
1261 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.948484 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1685  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.6 
 
 
844 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
396 aa  179  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
1645 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.92 
 
 
659 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.47344  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5975  histidine kinase  40.61 
 
 
524 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.005421  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1756  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.8 
 
 
844 aa  176  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  43.48 
 
 
1535 aa  176  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3043  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.59 
 
 
738 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0109423  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0397  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.3 
 
 
755 aa  176  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 
1691 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2956  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.14 
 
 
752 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.660632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3151  histidine kinase  44.2 
 
 
741 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105074  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5571  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  43.29 
 
 
1218 aa  172  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273526  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.67 
 
 
657 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
760 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00762207 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3355  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 
405 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4928  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.73 
 
 
889 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.89 
 
 
530 aa  170  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.309803 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0521  multi sensor hybrid histidine kinase  39.66 
 
 
1344 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.02 
 
 
1406 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3122  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.81 
 
 
540 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.340394  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4167  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.75 
 
 
592 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0072  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 
568 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00516402 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5085  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
530 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.3 
 
 
835 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1520  signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  39.24 
 
 
1303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.124967  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  38.33 
 
 
1453 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3856  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.08 
 
 
761 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.170014  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1870  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 
657 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240453  normal  0.0267746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2005  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.83 
 
 
522 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4198  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 
1185 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.996958 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2675  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 
708 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.877  normal  0.897929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2317  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 
657 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553373  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2484  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.08 
 
 
761 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.55775  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0314  Signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  36.61 
 
 
1399 aa  159  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  57.58 
 
 
341 aa  159  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1191  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
697 aa  159  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.604254  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 
639 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 
1557 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3795  histidine kinase  40.09 
 
 
725 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.421724 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3193  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  36.69 
 
 
1380 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.112764 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6439  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
776 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249109  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>