More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0136 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0136  response regulator receiver protein  100 
 
 		 128 aa  259  6.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00549799  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3480  response regulator receiver protein  92.86 
 
 		 119 aa  185  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0829  response regulator receiver protein  42.28 
 
 		 141 aa  91.7  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00313002  normal  0.336166 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0054  response regulator of ato, ornithine decarboxylase antizyme (sensor ATOS)  33.86 
 
 		 141 aa  73.6  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5595  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000316112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3002  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.24335  normal  0.317219 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3047  two-component response regulator  32.56 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0882292  normal  0.419073 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4971  response regulator receiver and unknown domain protein  32.31 
 
 		 137 aa  70.1  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148199  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4937  response regulator receiver protein  30.71 
 
 		 136 aa  67  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5434  response regulator receiver protein  27.87 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.455605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1356  two component response regulator  30.25 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.189913  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1029  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.451045  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2393  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7056  response regulator receiver protein  34.65 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0753  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1993  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156439  hitchhiker  0.00339677 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2600  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 202 aa  62  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.085671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3681  response regulator receiver  37.61 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1627  response regulator receiver  27.64 
 
 		 320 aa  60.8  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.307982 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2073  hypothetical protein  33.63 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1524  response regulator receiver  30.16 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847446  normal  0.544157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6527  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498145  normal  0.0582996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11533  Response regulator receiver domain protein (CheY)  33.93 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00681929  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2083  hypothetical protein  32.74 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013737  Slin_7058  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 166 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2396  CheA signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 1832 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.61 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0104  two-component response regulator  27.69 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0412586  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2169  response regulator receiver protein  41.11 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23773  normal  0.234658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0748  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  30.43 
 
 		 355 aa  55.5  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2335  response regulator receiver  28.91 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.619064  normal  0.248162 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3028  two-component response regulator  30.25 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0938905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0763  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  30.43 
 
 		 355 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.67842 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4079  chemotaxis receiver protein  31.53 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4033  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102003  normal  0.596674 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0234  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.695764  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3085  CheA signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 		 2212 aa  54.3  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.284349 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0503  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3821  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3947  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  28.8 
 
 		 121 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3765  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3483  response regulator receiver protein  32 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000485228  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 215 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0556  two component transcriptional regulator  36.08 
 
 		 237 aa  52.8  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3201  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3329  response regulator receiver protein  51.61 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0789  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1793  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4528  response regulator receiver protein  37.35 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0372  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0420195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  30 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3486  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2652  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 242 aa  52.8  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0075  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  36.26 
 
 		 227 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.124346  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1538  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 161 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0154  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  31.15 
 
 		 504 aa  52.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0329  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 121 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1003  response regulator receiver protein  29.6 
 
 		 128 aa  52  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3793  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0314  histidine kinase  32.2 
 
 		 531 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2328  response regulator receiver protein  31.19 
 
 		 157 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4655  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 125 aa  51.6  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.230035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2432  response regulator, CheY-like  27.64 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1446  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 153 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0543  response regulator receiver protein  51.67 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0297  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 121 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127858  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  41.67 
 
 		 215 aa  51.6  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3578  response regulator  26.19 
 
 		 376 aa  51.6  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0163  response regulator receiver domain-containing protein  32.74 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1288  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0058  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  34.07 
 
 		 226 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000220235 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0043  response regulator receiver protein  26.83 
 
 		 144 aa  51.2  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.304768 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1215  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.125969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0147  chemotaxis protein CheY  27.12 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4245  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 		 121 aa  50.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0544  response regulator receiver protein  47.54 
 
 		 144 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3361  response regulator receiver protein  28.18 
 
 		 168 aa  51.2  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.937091  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1020  putative CheA signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 1725 aa  50.8  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  31.86 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0896  CheA signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 1725 aa  50.8  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.720203  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3992  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.43 
 
 		 214 aa  50.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3324  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2787  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 141 aa  50.4  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00139288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1998  response regulator receiver protein  31.45 
 
 		 140 aa  50.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0587  response regulator receiver  33.04 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3207  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.138724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 233 aa  50.4  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 548 aa  50.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_37014  diatom histidine kinase 2  30.33 
 
 		 791 aa  50.4  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.612589  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22570  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  34.04 
 
 		 353 aa  50.4  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3547  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 138 aa  50.1  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 721 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4337  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 141 aa  50.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  hitchhiker  0.000570677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3772  CheA signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 2539 aa  50.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2437  chemotaxis response regulator, CheY1  33.04 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.365798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>