217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2393 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2393  response regulator receiver protein  100 
 
 		 129 aa  254  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0154  response regulator receiver protein  57.72 
 
 		 130 aa  154  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1524  response regulator receiver  45.22 
 
 		 135 aa  88.2  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.847446  normal  0.544157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1314  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 138 aa  87  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1955  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0054  response regulator of ato, ornithine decarboxylase antizyme (sensor ATOS)  34.13 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225376 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4937  response regulator receiver protein  35.11 
 
 		 136 aa  70.9  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5434  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.455605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0829  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00313002  normal  0.336166 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5565  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.373706 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3028  two-component response regulator  30.09 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0938905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6527  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498145  normal  0.0582996 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1993  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156439  hitchhiker  0.00339677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2335  response regulator receiver  31.09 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.619064  normal  0.248162 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0136  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00549799  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3047  two-component response regulator  30.43 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0882292  normal  0.419073 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4971  response regulator receiver and unknown domain protein  30.51 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.148199  normal  0.258771 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0104  two-component response regulator  36.36 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0412586  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3002  response regulator receiver protein  35.2 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.24335  normal  0.317219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3681  response regulator receiver  37.74 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5595  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000316112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2534  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1029  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.451045  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1356  two component response regulator  37.93 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.189913  normal  0.21711 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4239  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3216  two-component response regulator, CheY-like  30.89 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233496  normal  0.450794 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5356  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 377 aa  51.6  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.940445 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 235 aa  51.2  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 		 1374 aa  50.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0163  response regulator receiver domain-containing protein  31.91 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2298  response regulator receiver domain-containing protein  26.96 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12586  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0043  response regulator receiver protein  30.91 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.304768 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0261  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 948 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1770  chemotaxis-specific methylesterase  32.2 
 
 		 344 aa  50.1  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.221833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3767  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 		 587 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.634012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2841  response regulator receiver protein  26.77 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0324  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 		 424 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.046409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4222  response regulator receiver protein  28.33 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1627  response regulator receiver  31.3 
 
 		 320 aa  47.8  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.307982 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2147  response regulator receiver protein  26.45 
 
 		 153 aa  47.8  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0285  response regulator receiver  31.25 
 
 		 206 aa  47.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.102424  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0407  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.177022  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3046  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.51 
 
 		 365 aa  47  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0429754  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  26.72 
 
 		 1351 aa  47  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1693  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 121 aa  47  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26323  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  27.73 
 
 		 318 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45485  ethylene receptor 1  25.62 
 
 		 833 aa  46.6  0.0001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.454805  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0684  response regulator receiver protein  27.43 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0817521 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2289  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3139  response regulator receiver protein  33.7 
 
 		 138 aa  45.8  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1676  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 136 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11261 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1899  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.727216  normal  0.206125 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3480  response regulator receiver protein  34.72 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.185259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 		 899 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5203  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3962  nitrogen regulation protein NR(I)  28.32 
 
 		 470 aa  45.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4159  nitrogen regulation protein NR(I)  28.32 
 
 		 470 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.086406  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544.1  hypothetical protein  38.27 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3463  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 1333 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.245922 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3547  response regulator receiver protein  31.48 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2164  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.25 
 
 		 680 aa  44.7  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 		 412 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0913  response regulator receiver protein  34.34 
 
 		 301 aa  45.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.348072  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2212  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5225  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6178  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 141 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.459756 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1560  response regulator receiver domain-containing protein  32.08 
 
 		 143 aa  44.7  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.126493 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3071  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 390 aa  44.3  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442652 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2126  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 128 aa  44.7  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.438867  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 		 562 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2385  response regulator receiver domain-containing protein  27.96 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.21 
 
 		 385 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 		 390 aa  43.9  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1573  response regulator receiver protein  29.37 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 		 507 aa  43.9  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 392 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_37014  diatom histidine kinase 2  29.82 
 
 		 791 aa  43.9  0.0008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.612589  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4222  nitrogen regulation protein NR(I)  27.43 
 
 		 470 aa  43.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.327829  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 461 aa  43.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2181  ATP-binding region ATPase domain protein  24 
 
 		 1922 aa  43.5  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.116239 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2008  two component transcriptional regulator  28.33 
 
 		 251 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2938  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  34.78 
 
 		 346 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.337597  normal  0.586429 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0608  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 398 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.160271 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0544  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4883  nitrogen regulation protein NR(I)  27.43 
 
 		 470 aa  43.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.177074  hitchhiker  0.0000322182 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4505  nitrogen regulation protein NR(I)  27.43 
 
 		 470 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0543  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1538  response regulator receiver protein  26.53 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1054  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4522  response regulator receiver protein  30.37 
 
 		 185 aa  42.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.171395  decreased coverage  0.000607149 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 218 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1420  response regulator receiver protein  28.04 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4098  nitrogen regulation protein NR(I)  26.55 
 
 		 470 aa  42.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.797915 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2287  response regulator  24.58 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2083  hypothetical protein  34.04 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1817  CheA signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 937 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1612  histidine kinase  29.1 
 
 		 448 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.786857  normal  0.263527 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3553  response regulator receiver  29.82 
 
 		 384 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.739627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1872  CheA signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 937 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.134352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>