More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1612 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  89.09 
 
 
1211 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1612  histidine kinase  100 
 
 
448 aa  910    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.786857  normal  0.263527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  89.32 
 
 
1210 aa  780    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  70.63 
 
 
1201 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.21 
 
 
1214 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2316  sensor histidine kinase/response regulator  44.42 
 
 
477 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.857648  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  44.63 
 
 
1206 aa  325  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24720  putative two-component sensor  47.39 
 
 
741 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2782  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.59 
 
 
1091 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2094  virulence sensor protein BvgS  47.51 
 
 
691 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3413  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 
1093 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.464366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12820  two-component sensor  40.95 
 
 
1212 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2349  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.61 
 
 
1093 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0868194  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  42.22 
 
 
1069 aa  276  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  40.81 
 
 
1215 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0173  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
1191 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0303  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.96 
 
 
1196 aa  266  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.723835  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2527  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.29 
 
 
1090 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120042  normal  0.0845157 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1292  PAS  35.85 
 
 
1209 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.746783 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  36.34 
 
 
1213 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.26 
 
 
1049 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1420  sensory box histidine kinase/response regulator  33.92 
 
 
1199 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.293149  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  39.03 
 
 
948 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2140  fused multi-sensor protein  32.22 
 
 
882 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.236911  normal  0.359885 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30700  putative sensor/response regulator hybrid  38.8 
 
 
992 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.716544  hitchhiker  0.000396049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 
1199 aa  197  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
781 aa  194  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5710  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (bvgS-like)  38.12 
 
 
1040 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1285  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 
1070 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102629  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.52 
 
 
1029 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0062  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 
807 aa  189  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  35.01 
 
 
968 aa  188  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
913 aa  186  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.82 
 
 
1197 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2520  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.57 
 
 
1127 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4471  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.69 
 
 
627 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.611462  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3601  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  31.31 
 
 
1127 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.317303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2161  sensor histidine kinase/response regulator  35.51 
 
 
1286 aa  180  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  34.33 
 
 
1060 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
774 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2366  histidine kinase  36.18 
 
 
697 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4472  PAS  39.63 
 
 
679 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.185936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0620  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
645 aa  177  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  35.53 
 
 
882 aa  177  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.44 
 
 
947 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 
948 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
871 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.363033  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1822  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.87 
 
 
582 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  33.44 
 
 
641 aa  174  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2790  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 
592 aa  173  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0688167 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4471  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
678 aa  173  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00885051  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
695 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 
667 aa  172  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
962 aa  171  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 
643 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.24 
 
 
1000 aa  169  7e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
767 aa  169  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 
1255 aa  169  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
614 aa  169  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0180  response regulator/sensor histidine kinase  34.73 
 
 
1014 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.696748  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 
827 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 
817 aa  168  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0159  response regulator/sensor histidine kinase  34.73 
 
 
1032 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636877  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
1363 aa  168  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.55 
 
 
902 aa  167  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2021  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  37.18 
 
 
645 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.798842  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  34.98 
 
 
631 aa  167  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  33.95 
 
 
800 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0065  histidine kinase  34.39 
 
 
578 aa  167  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0460  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.22 
 
 
835 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.980587  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0141  two-component system sensor protein  33.76 
 
 
952 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 
846 aa  166  8e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1627  two-component system sensor protein  34.41 
 
 
988 aa  166  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0255919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
643 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  32.81 
 
 
588 aa  166  9e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.72 
 
 
1127 aa  166  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  33.54 
 
 
982 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  32.21 
 
 
1177 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2168  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 
1204 aa  165  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.172741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2664  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.44 
 
 
662 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.373594  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0718  sensory box histidine kinase/response regulator  32.74 
 
 
589 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.97168  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3528  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.13 
 
 
690 aa  165  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 
947 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3277  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
741 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
850 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6655  histidine kinase  33.33 
 
 
688 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.404692  hitchhiker  0.00000625165 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 
1199 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2684  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
645 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 
1407 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 
898 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 
764 aa  163  5.0000000000000005e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6654  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 
829 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000220106 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
765 aa  162  8.000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2108  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.74 
 
 
924 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.154995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>