More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0328 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0328  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 302 aa  620  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.955729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5709  polysaccharide deacetylase  67.12 
 
 		 294 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903612  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2304  polysaccharide deacetylase  37.04 
 
 		 295 aa  188  8e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.938894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2257  polysaccharide deacetylase  37.04 
 
 		 295 aa  188  8e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.842059  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2296  polysaccharide deacetylase  36.67 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.480764  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3383  polysaccharide deacetylase  39.18 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.130531  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0047  polysaccharide deacetylase  37.41 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5282  polysaccharide deacetylase  37.69 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5661  polysaccharide deacetylase  37.69 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5371  polysaccharide deacetylase  37.69 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0796  polysaccharide deacetylase  37.84 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3296  polysaccharide deacetylase  35.13 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3696  polysaccharide deacetylase  35.32 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4982  polysaccharide deacetylase  37.09 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0560219  normal  0.0180335 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3335  polysaccharide deacetylase  35.79 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.705331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3477  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  31.83 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4994  polysaccharide deacetylase  36.88 
 
 		 263 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.486771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3310  polysaccharide deacetylase domain protein  31.83 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3304  polysaccharide deacetylase domain protein  31.83 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.216596  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3384  polysaccharide deacetylase domain protein  31.83 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.691477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3377  putative xylanase/chitin deacetylase  31.49 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5051  polysaccharide deacetylase  32.81 
 
 		 273 aa  139  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34360  predicted xylanase/chitin deacetylase  33.83 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0199851  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0312  polysaccharide deacetylase  32.19 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3555  polysaccharide deacetylase  32.35 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4846  polysaccharide deacetylase  32.97 
 
 		 271 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6168  polysaccharide deacetylase  29.66 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6461  polysaccharide deacetylase  29.62 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3901  polysaccharide deacetylase  32.99 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.198047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3101  polysaccharide deacetylase  32.7 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40589  normal  0.231006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2856  polysaccharide deacetylase  27.5 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3514  polysaccharide deacetylase  29.04 
 
 		 282 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.345216  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2857  polysaccharide deacetylase  32.41 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6286  polysaccharide deacetylase  30.63 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2100  hypothetical protein  32.6 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.726789 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2326  polysaccharide deacetylase  30.47 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4203  polysaccharide deacetylase family protein  28.98 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.509366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3937  polysaccharide deacetylase  28.62 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.0112723 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2033  polysaccharide deacetylase  30.74 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2092  polysaccharide deacetylase  29.14 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0344916 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1692  polysaccharide deacetylase family protein  28.62 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000173795  normal  0.0616933 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3513  polysaccharide deacetylase  30.07 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.206647  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6336  polysaccharide deacetylase  25.99 
 
 		 279 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.932988 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5882  polysaccharide deacetylase family protein  27.92 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2405  polysaccharide deacetylase family protein  28.27 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000804057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2502  polysaccharide deacetylase  28.27 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6169  polysaccharide deacetylase  30.5 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1415  putative polysaccharide deacetylase  28.29 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.226464  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4391  polysaccharide deacetylase  26.3 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.424954 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0672  polysaccharide deacetylase family protein  26.69 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.193798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0928  polysaccharide deacetylase  31.21 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3485  polysaccharide deacetylase  28.29 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39050  predicted xylanase/chitin deacetylase  27.54 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.619767 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0999  polysaccharide deacetylase  27.89 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.289502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2229  polysaccharide deacetylase  28.28 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22830  predicted xylanase/chitin deacetylase  28.52 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3662  polysaccharide deacetylase  26.72 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.57412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6462  polysaccharide deacetylase  29.6 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.27779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0030  polysaccharide deacetylase  25.98 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06518  polysaccharide deacetylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G05030)  25.75 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6198  urate catabolism protein  30.35 
 
 		 318 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2742  polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08606  hypothetical polysaccharide deacetylase (Eurofung)  32.5 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.940784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4195  polysaccharide deacetylase  26.76 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2005  polysaccharide deacetylase  36.84 
 
 		 280 aa  85.5  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  25.44 
 
 		 290 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0469  chitin deacetylase  28.47 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21130  polysaccharide deacetylase  28.21 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4566  polysaccharide deacetylase  31.39 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1919  polysaccharide deacetylase  25.85 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2094  polysaccharide deacetylase  27.21 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  27.21 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0203  polysaccharide deacetylase  28.81 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.37611  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2360  polysaccharide deacetylase  34.29 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  24.91 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1774  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  32.24 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2473  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  34.97 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0499  putative polysaccharide deacetylase family protein  24.82 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1172  polysaccharide deacetylase  30.51 
 
 		 281 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  26.5 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0429  polysaccharide deacetylase  27.21 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3554  hypothetical protein  26.74 
 
 		 313 aa  75.5  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  26.13 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  23.93 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0399  polysaccharide deacetylase  30.88 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3066  polysaccharide deacetylase  31.16 
 
 		 283 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00688884  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1363  hypothetical protein  26.82 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2217  polysaccharide deactylase family protein, PEP- CTERM locus subfamily  32.86 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.691781  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0684  polysaccharide deactylase family protein, PEP-CTERM locus subfamily  29.71 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.934486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  24.83 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  24.83 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  24.83 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2470  polysaccharide deacetylase  32.86 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5255  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.339328 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1656  polysaccharide deacetylase  29.59 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3707  urate catabolism protein  26.98 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.482899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1730  polysaccharide deacetylase  28.97 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.842929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  24.83 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1980  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  36.5 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2260  urate catabolism protein  25.73 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0671776  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>