More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5882 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5882  polysaccharide deacetylase family protein  100 
 
 		 293 aa  610  1e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0999  polysaccharide deacetylase  83.79 
 
 		 294 aa  523  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.289502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4203  polysaccharide deacetylase family protein  80.55 
 
 		 293 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.509366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3937  polysaccharide deacetylase  80.2 
 
 		 293 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.0112723 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2405  polysaccharide deacetylase family protein  77.74 
 
 		 293 aa  494  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000804057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2502  polysaccharide deacetylase  77.74 
 
 		 293 aa  494  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2092  polysaccharide deacetylase  79.04 
 
 		 291 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0344916 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1692  polysaccharide deacetylase family protein  77.4 
 
 		 293 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000173795  normal  0.0616933 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0672  polysaccharide deacetylase family protein  76.11 
 
 		 293 aa  488  1e-137  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.193798  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2326  polysaccharide deacetylase  76.29 
 
 		 294 aa  479  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2742  polysaccharide deacetylase  73.2 
 
 		 319 aa  474  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39050  predicted xylanase/chitin deacetylase  74.66 
 
 		 295 aa  472  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.619767 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2033  polysaccharide deacetylase  75.52 
 
 		 300 aa  471  1e-132  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22830  predicted xylanase/chitin deacetylase  72.79 
 
 		 295 aa  461  1e-129  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4391  polysaccharide deacetylase  68.73 
 
 		 296 aa  454  1e-127  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.424954 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2229  polysaccharide deacetylase  68.04 
 
 		 296 aa  445  1.0000000000000001e-124  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1415  putative polysaccharide deacetylase  65.17 
 
 		 300 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.226464  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3485  polysaccharide deacetylase  65.17 
 
 		 300 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3662  polysaccharide deacetylase  66.04 
 
 		 378 aa  393  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.57412  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06518  polysaccharide deacetylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G05030)  60.07 
 
 		 295 aa  369  1e-101  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0030  polysaccharide deacetylase  47.16 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08606  hypothetical polysaccharide deacetylase (Eurofung)  41.33 
 
 		 303 aa  245  6e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.940784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3477  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  40 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3377  putative xylanase/chitin deacetylase  40 
 
 		 307 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3310  polysaccharide deacetylase domain protein  40 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3384  polysaccharide deacetylase domain protein  40 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.691477 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3304  polysaccharide deacetylase domain protein  40 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.216596  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6286  polysaccharide deacetylase  38.52 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4846  polysaccharide deacetylase  36 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3101  polysaccharide deacetylase  38.54 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40589  normal  0.231006 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6336  polysaccharide deacetylase  39.36 
 
 		 279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.932988 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3901  polysaccharide deacetylase  36.62 
 
 		 287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.198047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0928  polysaccharide deacetylase  37.87 
 
 		 296 aa  175  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5371  polysaccharide deacetylase  33.68 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5661  polysaccharide deacetylase  33.68 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5282  polysaccharide deacetylase  33.68 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0796  polysaccharide deacetylase  33.81 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0047  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3696  polysaccharide deacetylase  32.52 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2296  polysaccharide deacetylase  31.67 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.480764  normal  0.859404 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2304  polysaccharide deacetylase  31.67 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.938894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2257  polysaccharide deacetylase  31.67 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.842059  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34360  predicted xylanase/chitin deacetylase  30.5 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0199851  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3296  polysaccharide deacetylase  32.52 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3383  polysaccharide deacetylase  31.29 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.130531  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2856  polysaccharide deacetylase  29.46 
 
 		 281 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5051  polysaccharide deacetylase  27.43 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6461  polysaccharide deacetylase  29.75 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6168  polysaccharide deacetylase  29.75 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4994  polysaccharide deacetylase  27.84 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.486771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3555  polysaccharide deacetylase  27.68 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5709  polysaccharide deacetylase  27.74 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903612  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3514  polysaccharide deacetylase  27.98 
 
 		 282 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.345216  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3335  polysaccharide deacetylase  31.3 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.705331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4982  polysaccharide deacetylase  29.33 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0560219  normal  0.0180335 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0328  polysaccharide deacetylase  27.92 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.955729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0312  polysaccharide deacetylase  26.06 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.620676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2100  hypothetical protein  31.23 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.726789 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1477  polysaccharide deacetylase  25.1 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.167942 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1393  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 336 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1353  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 341 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1446  polysaccharide deacetylase  27.87 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.180277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0986  twin-arginine translocation pathway signal  28.81 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.649552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1468  polysaccharide deacetylase  28.81 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0456  polysaccharide deacetylase  25.82 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0475  polysaccharide deacetylase  25.82 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1053  hypothetical protein  26.87 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  28.46 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4092  polysaccharide deacetylase  23.46 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  hitchhiker  0.00263168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  28.85 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  29.28 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  28.46 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  26.25 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  28.23 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  28.9 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  28.9 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0429  polysaccharide deacetylase  26.4 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1300  urate catabolism protein  27.41 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.540933  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1607  hypothetical protein  23.17 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3692  polysaccharide deacetylase  24.28 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2857  polysaccharide deacetylase  25.48 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5278  polysaccharide deacetylase  28.12 
 
 		 359 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0440872 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0799  polysaccharide deacetylase  20.24 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  28.52 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4151  polysaccharide deacetylase family protein  24.28 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1389  hypothetical protein  23.17 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1100  urate catabolism protein  28.57 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2422  polysaccharide deacetylase  25.58 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3795  polysaccharide deacetylase  28.68 
 
 		 470 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0520356 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2116  urate catabolism protein  27.63 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.126861  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1706  polysaccharide deacetylase  28.08 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6114  polysaccharide deacetylase  27.34 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1963  polysaccharide deacetylase  27.34 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2388  polysaccharide deacetylase  27.52 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2533  polysaccharide deacetylase family protein  27.52 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2432  polysaccharide deacetylase  27.52 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3303  polysaccharide deacetylase family protein  27.52 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1279  polysaccharide deacetylase family protein  27.52 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.414457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1307  urate catabolism protein  26.85 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.018658 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2718  polysaccharide deacetylase  23.9 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>