More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1353 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1353  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 341 aa  698    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1393  polysaccharide deacetylase  94.43 
 
 		 336 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1446  polysaccharide deacetylase  84.75 
 
 		 336 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.180277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0986  twin-arginine translocation pathway signal  85.04 
 
 		 336 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.649552  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1468  polysaccharide deacetylase  85.04 
 
 		 336 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2605  polysaccharide deacetylase family protein  83.56 
 
 		 364 aa  510  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1702  polysaccharide deacetylase family protein  82.65 
 
 		 366 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1105  polysaccharide deacetylase family protein  81.97 
 
 		 362 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.253343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1881  polysaccharide deacetylase family protein  82.31 
 
 		 362 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1547  polysaccharide deacetylase family protein  81.97 
 
 		 366 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0210  polysaccharide deacetylase family protein  81.97 
 
 		 366 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0152392  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0954  polysaccharide deacetylase family protein  81.97 
 
 		 366 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1728  polysaccharide deacetylase family protein  81.97 
 
 		 366 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169494  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4092  polysaccharide deacetylase  56.72 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  hitchhiker  0.00263168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3450  polysaccharide deacetylase  58.55 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.231432 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4151  polysaccharide deacetylase family protein  48.49 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3692  polysaccharide deacetylase  48.19 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0456  polysaccharide deacetylase  48.7 
 
 		 330 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0475  polysaccharide deacetylase  49.03 
 
 		 330 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2718  polysaccharide deacetylase  35.11 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  33.21 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  33.21 
 
 		 308 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  32.85 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  32.85 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  32.85 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  32.49 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1706  polysaccharide deacetylase  32.13 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  31.05 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5684  Chitin deacetylase  30.91 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.260048  normal  0.439054 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  30.69 
 
 		 309 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0499  putative polysaccharide deacetylase family protein  32.85 
 
 		 300 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2758  chitin deacetylase  31.54 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373365  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21130  polysaccharide deacetylase  32.62 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1389  hypothetical protein  28.72 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1987  urate catabolism protein  31.54 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.567399 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5278  polysaccharide deacetylase  31.18 
 
 		 359 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0440872 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6114  polysaccharide deacetylase  31.54 
 
 		 317 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1963  polysaccharide deacetylase  31.54 
 
 		 317 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1607  hypothetical protein  28.72 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2085  polysaccharide deacetylase  31.15 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.793939  normal  0.404703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2022  polysaccharide deacetylase  31.15 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.664089  normal  0.0722696 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2039  polysaccharide deacetylase  31.15 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1300  urate catabolism protein  30.82 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.540933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0469  chitin deacetylase  30.66 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02512  hypothetical protein  30.32 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  29.93 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3303  polysaccharide deacetylase family protein  31.54 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1279  polysaccharide deacetylase family protein  31.54 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.414457  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1951  polysaccharide deacetylase  31.07 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2388  polysaccharide deacetylase  31.54 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2533  polysaccharide deacetylase family protein  31.54 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1878  urate catabolism protein  31.07 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312787  normal  0.172237 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2329  urate catabolism protein  30.47 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2432  polysaccharide deacetylase  31.54 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2067  polysaccharide deacetylase family protein  31.9 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1111  polysaccharide deacetylase  31.8 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1508  polysaccharide deacetylase family protein  31.54 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2007  polysaccharide deacetylase family protein  31.54 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5365  urate catabolism protein  29.93 
 
 		 478 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805332  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0882  polysaccharide deacetylase  30.56 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6198  urate catabolism protein  29.93 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1926  putative polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.644925 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1919  polysaccharide deacetylase  28.07 
 
 		 326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1100  urate catabolism protein  29.62 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1307  urate catabolism protein  30.11 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.018658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0355  polysaccharide deacetylase  31.18 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.949726  normal  0.0556603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3290  chitin deacetylase  31.65 
 
 		 482 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187371  normal  0.839044 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1424  polysaccharide deacetylase  30.85 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.185486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5068  urate catabolism protein  31.19 
 
 		 478 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3035  chitin deacetylase  32.62 
 
 		 471 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0206  polysaccharide deacetylase  32.62 
 
 		 471 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2116  urate catabolism protein  29.43 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.126861  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3707  urate catabolism protein  27.64 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.482899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2437  polysaccharide deacetylase  29.17 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2063  urate catabolism protein  30.87 
 
 		 470 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890496 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2120  hypothetical protein  30.04 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.269264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1744  urate catabolism protein  30.42 
 
 		 470 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1554  polysaccharide deacetylase  31.91 
 
 		 471 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.442375  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0836  urate catabolism protein  27.7 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.391521  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3475  polysaccharide deacetylase  29.66 
 
 		 471 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.40619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1069  urate catabolism protein  29.47 
 
 		 470 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0248428 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2422  polysaccharide deacetylase  28.47 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3927  urate catabolism protein  30.04 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2260  urate catabolism protein  28.12 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0671776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4388  polysaccharide deacetylase  29.58 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1343  urate catabolism protein  30.11 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0882664  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1937  urate catabolism protein  27.78 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39074  normal  0.0426903 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0216  urate catabolism protein  28.42 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.668034  normal  0.0222485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4321  polysaccharide deacetylase  29.45 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0078  polysaccharide deacetylase  29.23 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3184  putative polysaccharide deacetylase  32.85 
 
 		 327 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5844  urate catabolism protein  29.5 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306631 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0869  urate catabolism protein  28.17 
 
 		 315 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1117  polysaccharide deacetylase  29.49 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107227  normal  0.334948 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4618  chitin deacetylase  29.39 
 
 		 471 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253154 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3795  polysaccharide deacetylase  29.33 
 
 		 470 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0520356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2888  urate catabolism protein  27.56 
 
 		 307 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.558847  normal  0.0871438 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0777  hypothetical protein  27.72 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30682  predicted protein  25.91 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.673385  normal  0.0672265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1037  urate catabolism protein  29.05 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>