284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3475 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0206  polysaccharide deacetylase  74.68 
 
 		 471 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1554  polysaccharide deacetylase  74.26 
 
 		 471 aa  705    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.442375  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3204  polysaccharide deacetylase  69.36 
 
 		 470 aa  687    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.933502  normal  0.3249 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2608  polysaccharide deacetylase  70 
 
 		 470 aa  681    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.234618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4618  chitin deacetylase  67.02 
 
 		 471 aa  650    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253154 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3475  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 471 aa  973    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.40619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3035  chitin deacetylase  73.83 
 
 		 471 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2831  polysaccharide deacetylase  66.67 
 
 		 478 aa  644    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.729324  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3795  polysaccharide deacetylase  63.03 
 
 		 470 aa  615  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0520356 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0449  chitin deacetylase  61.28 
 
 		 475 aa  596  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0347  hypothetical protein  61.06 
 
 		 475 aa  580  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.399937  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0363  hypothetical protein  61.06 
 
 		 475 aa  580  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.851897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3290  chitin deacetylase  60.47 
 
 		 482 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187371  normal  0.839044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2063  urate catabolism protein  58.37 
 
 		 470 aa  546  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1744  urate catabolism protein  57.73 
 
 		 470 aa  541  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1069  urate catabolism protein  58.37 
 
 		 470 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0248428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5365  urate catabolism protein  56.6 
 
 		 478 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805332  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7199  hypothetical protein  55.82 
 
 		 475 aa  529  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5068  urate catabolism protein  54.68 
 
 		 478 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5844  urate catabolism protein  58.62 
 
 		 387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3355  hypothetical protein  63.97 
 
 		 306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2888  urate catabolism protein  63.64 
 
 		 307 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.558847  normal  0.0871438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3152  urate catabolism protein  62.96 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690582  normal  0.466544 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4489  chitin deacetylase  63.09 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.785698 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1163  chitin deacetylase  62.21 
 
 		 307 aa  391  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.425036  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3707  urate catabolism protein  57.48 
 
 		 305 aa  381  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.482899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0216  urate catabolism protein  58.59 
 
 		 301 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.668034  normal  0.0222485 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2422  polysaccharide deacetylase  57.19 
 
 		 301 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2039  polysaccharide deacetylase  58.59 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2022  polysaccharide deacetylase  58.59 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.664089  normal  0.0722696 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2085  polysaccharide deacetylase  58.59 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.793939  normal  0.404703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4286  polysaccharide deacetylase family protein  57.81 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3850  urate catabolism protein  57.95 
 
 		 308 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.387177  normal  0.686624 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0916  chitin deacetylase  57.05 
 
 		 312 aa  366  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1582  chitin deacetylase  57.62 
 
 		 308 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.297708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2758  chitin deacetylase  58.19 
 
 		 308 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.373365  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3612  urate catabolism protein  57.28 
 
 		 308 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3818  hypothetical protein  58.8 
 
 		 308 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0934  polysaccharide deacetylase  56.62 
 
 		 308 aa  363  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0869  urate catabolism protein  56.91 
 
 		 315 aa  362  9e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3666  polysaccharide deacetylase family protein  57.53 
 
 		 309 aa  359  6e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44830  hypothetical protein  58.14 
 
 		 308 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1706  polysaccharide deacetylase  57.14 
 
 		 308 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2437  polysaccharide deacetylase  54.98 
 
 		 316 aa  355  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1809  polysaccharide deacetylase  56.86 
 
 		 309 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1111  polysaccharide deacetylase  57.05 
 
 		 322 aa  353  5e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02512  hypothetical protein  57.39 
 
 		 293 aa  352  5.9999999999999994e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0901  urate catabolism protein  55.26 
 
 		 316 aa  352  1e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4388  polysaccharide deacetylase  57.05 
 
 		 323 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0836  urate catabolism protein  54.88 
 
 		 314 aa  351  2e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.391521  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21130  polysaccharide deacetylase  55.52 
 
 		 309 aa  350  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0659  urate catabolism protein  55.23 
 
 		 319 aa  350  4e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2120  hypothetical protein  54.63 
 
 		 328 aa  349  5e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.269264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1937  urate catabolism protein  53.38 
 
 		 320 aa  349  7e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39074  normal  0.0426903 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1951  polysaccharide deacetylase  55.84 
 
 		 332 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2067  polysaccharide deacetylase family protein  57.42 
 
 		 317 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1300  urate catabolism protein  55.56 
 
 		 317 aa  348  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.540933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1878  urate catabolism protein  55.52 
 
 		 332 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312787  normal  0.172237 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2116  urate catabolism protein  55.74 
 
 		 322 aa  347  3e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.126861  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0882  polysaccharide deacetylase  54.72 
 
 		 314 aa  347  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0186045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1926  putative polysaccharide deacetylase  55.19 
 
 		 316 aa  346  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.644925 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2260  urate catabolism protein  53.05 
 
 		 320 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0671776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5278  polysaccharide deacetylase  55.52 
 
 		 359 aa  345  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0440872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2329  urate catabolism protein  55.52 
 
 		 316 aa  345  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1987  urate catabolism protein  55.84 
 
 		 317 aa  345  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.567399 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6114  polysaccharide deacetylase  55.84 
 
 		 317 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1963  polysaccharide deacetylase  55.84 
 
 		 317 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2533  polysaccharide deacetylase family protein  55.81 
 
 		 317 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1279  polysaccharide deacetylase family protein  55.81 
 
 		 317 aa  343  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.414457  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2432  polysaccharide deacetylase  55.81 
 
 		 317 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2388  polysaccharide deacetylase  55.81 
 
 		 317 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3303  polysaccharide deacetylase family protein  55.81 
 
 		 317 aa  343  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248766  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6198  urate catabolism protein  56.42 
 
 		 318 aa  342  7e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.21491 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1508  polysaccharide deacetylase family protein  55.81 
 
 		 317 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.324299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2007  polysaccharide deacetylase family protein  55.81 
 
 		 317 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2110  urate catabolism protein  54.87 
 
 		 318 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.822591  normal  0.031958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1307  urate catabolism protein  54.9 
 
 		 317 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.018658 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1343  urate catabolism protein  54.61 
 
 		 310 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0882664  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0078  polysaccharide deacetylase  55.3 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3927  urate catabolism protein  54.07 
 
 		 323 aa  340  4e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0777  hypothetical protein  55.12 
 
 		 314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1100  urate catabolism protein  54.46 
 
 		 336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1037  urate catabolism protein  54.22 
 
 		 319 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1058  polysaccharide deacetylase family protein  53.64 
 
 		 316 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1117  polysaccharide deacetylase  53.57 
 
 		 319 aa  336  5e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107227  normal  0.334948 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0355  polysaccharide deacetylase  53.95 
 
 		 317 aa  336  5e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.949726  normal  0.0556603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1111  urate catabolism protein  53.31 
 
 		 316 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.808218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1424  polysaccharide deacetylase  52.48 
 
 		 312 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.185486 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40052  predicted protein  47.51 
 
 		 377 aa  326  7e-88  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0469  chitin deacetylase  52.15 
 
 		 308 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1919  polysaccharide deacetylase  50.49 
 
 		 326 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03787  polysaccharide deacetylase family protein  53.56 
 
 		 296 aa  311  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4116  polysaccharide deacetylase  44.93 
 
 		 303 aa  268  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.795588 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09327  conserved hypothetical protein  43.49 
 
 		 337 aa  260  3e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.598208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3533  chitin deacetylase 1  50.21 
 
 		 255 aa  259  6e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0673867 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1607  hypothetical protein  42.47 
 
 		 296 aa  256  4e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4268  chitin deacetylase  57.21 
 
 		 220 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1389  hypothetical protein  42.14 
 
 		 296 aa  255  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30682  predicted protein  41.35 
 
 		 339 aa  242  1e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.673385  normal  0.0672265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0499  putative polysaccharide deacetylase family protein  42.28 
 
 		 300 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.262777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>