More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2710 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  100 
 
 		 314 aa  634    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  99.68 
 
 		 314 aa  633  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  99.04 
 
 		 314 aa  629  1e-179  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  94.9 
 
 		 314 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  95.22 
 
 		 314 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  94.89 
 
 		 313 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  94.9 
 
 		 314 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  87.34 
 
 		 316 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  82.24 
 
 		 321 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  75.32 
 
 		 316 aa  488  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  77.71 
 
 		 314 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  77.53 
 
 		 316 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  75.56 
 
 		 315 aa  454  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  72.93 
 
 		 308 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  66.88 
 
 		 314 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  68.11 
 
 		 317 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  38.74 
 
 		 340 aa  205  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  32.46 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  32.63 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  36.83 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  32.67 
 
 		 348 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  30.95 
 
 		 342 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  30.94 
 
 		 354 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  30.94 
 
 		 354 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  29.95 
 
 		 365 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  33.43 
 
 		 347 aa  146  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.89 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  31.07 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  30.86 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  29.67 
 
 		 356 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  30.66 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  30.95 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  31 
 
 		 355 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  28.57 
 
 		 372 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  28.61 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  29 
 
 		 361 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  29.1 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  28.81 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  31.73 
 
 		 346 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  31.19 
 
 		 354 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  29.43 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  31.4 
 
 		 354 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  31.71 
 
 		 354 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  31.71 
 
 		 354 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  31.4 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.85 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  29.81 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  30.46 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.66 
 
 		 354 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  30.38 
 
 		 351 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.83 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  28.35 
 
 		 354 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.35 
 
 		 354 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  26.16 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  31.87 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  32.36 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.66 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  31.8 
 
 		 342 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  30.91 
 
 		 367 aa  93.6  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.15 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.03 
 
 		 344 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.57 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  29.03 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  27.11 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  25.76 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  26.92 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  26.49 
 
 		 350 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.13 
 
 		 338 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  28.26 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  29.3 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  24.77 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  24.42 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25.38 
 
 		 352 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  26.7 
 
 		 365 aa  67  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25.38 
 
 		 352 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  28.57 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  27.73 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  24.86 
 
 		 340 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.85 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  31.69 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  32.58 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  23.1 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  25 
 
 		 356 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  30 
 
 		 385 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  30 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  24.7 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  25.34 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  25.3 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  24.77 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0926  OmpC family outer membrane porin  25.57 
 
 		 386 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.412323  normal  0.203503 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  26.41 
 
 		 413 aa  59.7  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  28.66 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.31 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  28.32 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  27.62 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  25.08 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2512  OmpC family outer membrane porin  31.44 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.127699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  24.75 
 
 		 358 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6034  porin  27.19 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.017791  normal  0.203355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.07 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>