More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3454 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3454  porin  100 
 
 
315 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  83.54 
 
 
316 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  86.39 
 
 
316 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  83.17 
 
 
314 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  75.08 
 
 
316 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  76.19 
 
 
308 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  75.56 
 
 
314 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  75.56 
 
 
314 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  75.56 
 
 
314 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  75.56 
 
 
314 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  75.48 
 
 
313 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  75.56 
 
 
314 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  75.56 
 
 
314 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  67.29 
 
 
314 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  71.34 
 
 
321 aa  431  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  67.28 
 
 
317 aa  414  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  37.04 
 
 
340 aa  202  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  38.92 
 
 
302 aa  159  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  30.95 
 
 
342 aa  146  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  31.32 
 
 
342 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  31.27 
 
 
348 aa  145  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  32.3 
 
 
347 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  29.33 
 
 
338 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.89 
 
 
353 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  30.42 
 
 
342 aa  135  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  29.21 
 
 
344 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  29.01 
 
 
346 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.34 
 
 
356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.14 
 
 
359 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  27.56 
 
 
365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.65 
 
 
361 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  28.39 
 
 
369 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  30.51 
 
 
346 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  26.94 
 
 
372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.97 
 
 
347 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  27.84 
 
 
349 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  28.27 
 
 
355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  30.09 
 
 
362 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.13 
 
 
354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.92 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  29.61 
 
 
352 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  29.07 
 
 
353 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  27.01 
 
 
345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  31.78 
 
 
345 aa  112  6e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  28.01 
 
 
351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.61 
 
 
354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.61 
 
 
354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  27.09 
 
 
354 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  26.82 
 
 
354 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  26.82 
 
 
354 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  25.56 
 
 
354 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  26.82 
 
 
354 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  25.81 
 
 
351 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  29.47 
 
 
346 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  27.9 
 
 
354 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  32.17 
 
 
342 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.87 
 
 
367 aa  98.2  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.12 
 
 
339 aa  86.7  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  29.03 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  28.49 
 
 
344 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.96 
 
 
344 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  28.22 
 
 
350 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  24.81 
 
 
349 aa  80.5  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  25.44 
 
 
374 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  25.9 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.42 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  26.13 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  29.3 
 
 
365 aa  67.8  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  26.69 
 
 
361 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.92 
 
 
336 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  30.73 
 
 
380 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  25.88 
 
 
360 aa  64.3  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  24.44 
 
 
368 aa  63.9  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.51 
 
 
348 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  22.25 
 
 
327 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  29.65 
 
 
359 aa  62  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.32 
 
 
336 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  27.1 
 
 
363 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.29 
 
 
326 aa  60.8  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  30 
 
 
380 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  23.03 
 
 
371 aa  60.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  28.86 
 
 
333 aa  60.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  25.98 
 
 
312 aa  60.5  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  30.07 
 
 
342 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  24.47 
 
 
356 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  26.98 
 
 
413 aa  59.3  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  28.78 
 
 
380 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  24.31 
 
 
385 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.31 
 
 
338 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.8 
 
 
366 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  24.31 
 
 
385 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  24.62 
 
 
352 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  24.47 
 
 
356 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  24.62 
 
 
352 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  25.59 
 
 
365 aa  57  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  31.49 
 
 
319 aa  57.4  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  24.44 
 
 
360 aa  57  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  31.03 
 
 
351 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>