134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1973 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1973  porin  100 
 
 		 349 aa  719    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  69.36 
 
 		 346 aa  518  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  67.72 
 
 		 346 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  66.38 
 
 		 345 aa  451  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  60.68 
 
 		 351 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  40.4 
 
 		 354 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  38.87 
 
 		 352 aa  209  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  38.53 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  38.25 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  37.22 
 
 		 354 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  37.85 
 
 		 354 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  37.6 
 
 		 355 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  37.6 
 
 		 354 aa  202  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  36.94 
 
 		 354 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  38.06 
 
 		 354 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  36.07 
 
 		 354 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  37.08 
 
 		 344 aa  196  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  36.76 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  36.09 
 
 		 347 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  35.81 
 
 		 372 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  35.81 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  37.54 
 
 		 342 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  36.76 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  35.41 
 
 		 342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  35.59 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  35.58 
 
 		 356 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  35.51 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  33.96 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  33.96 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  33.33 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  35.68 
 
 		 353 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  35.16 
 
 		 361 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  34.04 
 
 		 359 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  32.89 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  32.69 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  32.64 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  32.39 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  29.39 
 
 		 340 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  29.36 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  27.48 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.36 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.36 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.83 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  28.44 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  27.93 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  29.05 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  29.05 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.97 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  28.75 
 
 		 314 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  28.75 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.33 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  28.12 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.66 
 
 		 315 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.99 
 
 		 316 aa  106  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.44 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  26.4 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.72 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  24.28 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  24.41 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.88 
 
 		 342 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  27.93 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  26.54 
 
 		 357 aa  53.9  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  28.48 
 
 		 361 aa  52.4  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  25.46 
 
 		 379 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  27.23 
 
 		 380 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  24.11 
 
 		 379 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4039  porin  23.1 
 
 		 384 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.473466 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  24.79 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  24.79 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  24.79 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  24.79 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  21.8 
 
 		 319 aa  50.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  29.05 
 
 		 349 aa  49.7  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  26.59 
 
 		 383 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  24.79 
 
 		 379 aa  49.7  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3606  porin  24.08 
 
 		 383 aa  49.7  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.616699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  29.59 
 
 		 402 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  25.57 
 
 		 381 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  26.57 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  26.57 
 
 		 380 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  23.96 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0524  porin  26.41 
 
 		 374 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000201406  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0863  porin  25.89 
 
 		 380 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000949722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  23.83 
 
 		 333 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  26.73 
 
 		 394 aa  47.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  25.85 
 
 		 380 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.18 
 
 		 326 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  26.09 
 
 		 365 aa  47  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  24.62 
 
 		 379 aa  47  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1254  OmpC family outer membrane porin  23.63 
 
 		 409 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.393041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3761  porin  22.74 
 
 		 384 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192618  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4607  porin  22.74 
 
 		 384 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192363  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5697  porin  22.74 
 
 		 384 aa  47  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00705206 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2370  outer membrane porin OpcP  24.31 
 
 		 419 aa  46.6  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>