More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1671 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  100 
 
 		 363 aa  733    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  58.01 
 
 		 361 aa  375  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  55.24 
 
 		 365 aa  363  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  38.97 
 
 		 376 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  24.93 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  29.27 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  26.36 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  31.51 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  30.4 
 
 		 355 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  25.28 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  26.89 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.23 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  27.99 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  27.24 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_003296  RS02026  porin signal peptide protein  29.75 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.555277 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  28.52 
 
 		 383 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  29.51 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  24.55 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.87 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.67 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  24.54 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  24.75 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  27.65 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  24.75 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.59 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  26.5 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.46 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.39 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  25 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  25 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.73 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  24.87 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  32.49 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  25.64 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.46 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  26.94 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  27.75 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  25.08 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  27.72 
 
 		 353 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  25.81 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  24.21 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  26.67 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  30.67 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  26.91 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  27.12 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  26.91 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  25.08 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  29.09 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  30.6 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  26.88 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  26.71 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  28.1 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  26.13 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  29.41 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  28.07 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  27.78 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.5 
 
 		 352 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  30.74 
 
 		 384 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2108  porin signal peptide protein  26.32 
 
 		 381 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0434327  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  25.66 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.09 
 
 		 369 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  24.35 
 
 		 381 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  28.07 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  31.11 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.73 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  27.19 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  26.34 
 
 		 394 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1115  outer membrane porin  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  27.49 
 
 		 384 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  26.13 
 
 		 372 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1748  outer membrane protein (porin)  30.96 
 
 		 404 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0278155  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  28.11 
 
 		 383 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  28.16 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2131  OmpC family outer membrane porin  28.28 
 
 		 386 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  26.94 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  27.75 
 
 		 389 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  29.66 
 
 		 342 aa  54.7  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  24.34 
 
 		 396 aa  54.3  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5801  porin Gram-negative type  29.41 
 
 		 411 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00555584  normal  0.58755 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  26.88 
 
 		 354 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.01 
 
 		 339 aa  53.9  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  26.88 
 
 		 354 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  29.69 
 
 		 389 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  28.35 
 
 		 380 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  26.88 
 
 		 354 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0570  OmpC family outer membrane porin  28.86 
 
 		 366 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000938723  normal  0.683282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  28.28 
 
 		 386 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  26.53 
 
 		 393 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  28.33 
 
 		 399 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  27.96 
 
 		 391 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3254  porin  32.85 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3687  porin  29.5 
 
 		 405 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.413134  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  23.58 
 
 		 346 aa  51.6  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  25 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.74 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1853  outer membrane porin OpcP  29.91 
 
 		 481 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0277472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>