214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2769 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2769  porin  100 
 
 		 314 aa  636    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  70.68 
 
 		 316 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  71.56 
 
 		 314 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  67.38 
 
 		 316 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  70.35 
 
 		 317 aa  431  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  67.29 
 
 		 315 aa  417  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  68.62 
 
 		 316 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  66.56 
 
 		 308 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  68.12 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  66.88 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  66.88 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  66.88 
 
 		 314 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  66.88 
 
 		 314 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  66.56 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  66.77 
 
 		 313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  64.31 
 
 		 321 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  35.16 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  37.46 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  29.82 
 
 		 338 aa  142  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.55 
 
 		 347 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  29.02 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  30.17 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.25 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  28.2 
 
 		 342 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.98 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  29.24 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.53 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.53 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  28.53 
 
 		 354 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.17 
 
 		 354 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.17 
 
 		 354 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.53 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.53 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  29.05 
 
 		 346 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  29.54 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.18 
 
 		 356 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  27.97 
 
 		 354 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.41 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  28.81 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.01 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.44 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.81 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  29.11 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  27.25 
 
 		 344 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.12 
 
 		 354 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  33.33 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.71 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  27.56 
 
 		 372 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  26.51 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  29.17 
 
 		 346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.08 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.18 
 
 		 369 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  26.33 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  26.87 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  28.26 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  25.74 
 
 		 351 aa  99.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.92 
 
 		 362 aa  96.7  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  26.49 
 
 		 342 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.85 
 
 		 339 aa  89.7  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.55 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  23.27 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.49 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  28.27 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  28.8 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.75 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  26.33 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  26.41 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  24.93 
 
 		 344 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  29.89 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.3 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  23.86 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  29.96 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.67 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  25 
 
 		 376 aa  59.7  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  25.36 
 
 		 374 aa  59.3  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.91 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  25.51 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  23.19 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  25.08 
 
 		 312 aa  57  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  24.84 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  25.18 
 
 		 333 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0635  outer membrane insertion C-terminal signal  26.15 
 
 		 355 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.24 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0640  porin  26.46 
 
 		 355 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  24.67 
 
 		 356 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  26.89 
 
 		 360 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  23.28 
 
 		 344 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  27.78 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  29.71 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3752  porin  26.15 
 
 		 355 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  23.48 
 
 		 372 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.88 
 
 		 348 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  23.47 
 
 		 360 aa  53.5  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  25.08 
 
 		 359 aa  53.5  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  29.55 
 
 		 375 aa  53.5  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  30.57 
 
 		 354 aa  53.1  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.91 
 
 		 363 aa  53.1  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  24.67 
 
 		 356 aa  53.1  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>