More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2750 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2750  porin  100 
 
 		 316 aa  640    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  86.71 
 
 		 316 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  86.39 
 
 		 315 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  86.71 
 
 		 314 aa  521  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  76.73 
 
 		 316 aa  488  1e-137  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  79.37 
 
 		 313 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  79.43 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  79.43 
 
 		 314 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  79.43 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  77.85 
 
 		 314 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  77.53 
 
 		 314 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  74.68 
 
 		 308 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  77.53 
 
 		 314 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  75.08 
 
 		 321 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  68.63 
 
 		 314 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  68.62 
 
 		 317 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  38.24 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  38.8 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  30.97 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  29.49 
 
 		 348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  29.34 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  27.84 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  27.84 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  28.13 
 
 		 344 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  30.42 
 
 		 346 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  27.05 
 
 		 356 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  27.41 
 
 		 365 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  27.64 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  28.9 
 
 		 342 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.83 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  28.31 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.37 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  32.39 
 
 		 362 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  28.07 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  25.82 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.99 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  31.96 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  28.44 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  29.09 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  28.29 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.69 
 
 		 354 aa  113  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.04 
 
 		 342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  26.06 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.16 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  27.33 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  30.15 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  27.65 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  27.65 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.45 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  27.71 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.45 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  27.65 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  27.65 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  27.54 
 
 		 351 aa  105  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.83 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.42 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  29.03 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  32.36 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  31.38 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.15 
 
 		 339 aa  86.3  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.03 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  29.57 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.96 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  26.1 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  27.99 
 
 		 350 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  27.19 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  25.36 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  25.74 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  24.84 
 
 		 340 aa  72.4  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  31 
 
 		 380 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  22.96 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.48 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.75 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  31.19 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.33 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  25.5 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  24.29 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  29.45 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  26.62 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  25.61 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25.61 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  30.65 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25.61 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  30.65 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  30.65 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  25.61 
 
 		 385 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  30.65 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  24.92 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  30.91 
 
 		 368 aa  65.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  25.71 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  33.15 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  29 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  29.21 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0106  OmpC family outer membrane porin  32.37 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6034  porin  27.36 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.017791  normal  0.203355 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  22.19 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.31 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  23.24 
 
 		 358 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  25.91 
 
 		 358 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25 
 
 		 352 aa  62  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>