More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00714 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  100 
 
 		 351 aa  702    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  79.83 
 
 		 352 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  79.83 
 
 		 352 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  82.21 
 
 		 356 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  81.29 
 
 		 356 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  59.1 
 
 		 359 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  57.82 
 
 		 361 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  56.29 
 
 		 367 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  56.23 
 
 		 387 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  56.8 
 
 		 358 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  56.23 
 
 		 358 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  56.23 
 
 		 358 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  55.26 
 
 		 358 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  55.32 
 
 		 358 aa  348  8e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  55.29 
 
 		 358 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  55.32 
 
 		 358 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  54.98 
 
 		 358 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  55.32 
 
 		 358 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  55.32 
 
 		 358 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  54.24 
 
 		 361 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  53.64 
 
 		 361 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  50.15 
 
 		 365 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  48.55 
 
 		 363 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  50.6 
 
 		 357 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  50.6 
 
 		 357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  47.01 
 
 		 360 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  45.66 
 
 		 344 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  45.27 
 
 		 344 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  44.91 
 
 		 344 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  45.15 
 
 		 340 aa  242  7.999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  48.38 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  43.07 
 
 		 341 aa  232  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  43.81 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  42 
 
 		 362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  39.94 
 
 		 357 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  39.94 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  39.94 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  39.38 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  39.38 
 
 		 357 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  36.67 
 
 		 341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2122  hypothetical protein  97.78 
 
 		 104 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  37.01 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  35.32 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  35.87 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  35.42 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  34.65 
 
 		 352 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.43 
 
 		 335 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  31.2 
 
 		 387 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  33.63 
 
 		 376 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  31.82 
 
 		 394 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  33.62 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  31.95 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  32.18 
 
 		 393 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  34.69 
 
 		 366 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.29 
 
 		 368 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  29.52 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  33.14 
 
 		 350 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  33.44 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  32.96 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  34.4 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.38 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  33.33 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  31.51 
 
 		 379 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  33.52 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.38 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  32.94 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  31.93 
 
 		 354 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  32.94 
 
 		 355 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  32.94 
 
 		 355 aa  112  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  32.93 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  32.25 
 
 		 362 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  32.62 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  33.8 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  32.62 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  33.8 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 384 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  35.62 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 384 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  32.62 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.33 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  32.62 
 
 		 384 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  31.93 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  32.01 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  31.83 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  32.56 
 
 		 401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  31.22 
 
 		 411 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  32.55 
 
 		 349 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  32.25 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  30.33 
 
 		 388 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.62 
 
 		 384 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  32.04 
 
 		 354 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  32.31 
 
 		 362 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  32.25 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  32.25 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  32.16 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  31.87 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.27 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  30.23 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  32.53 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>