264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3239 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 338 aa  671    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  51.41 
 
 		 354 aa  346  4e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  51.01 
 
 		 354 aa  345  6e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  51.13 
 
 		 354 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  50.43 
 
 		 354 aa  340  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  49.86 
 
 		 354 aa  338  8e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  50.14 
 
 		 355 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  48.59 
 
 		 354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  48.59 
 
 		 354 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  48.31 
 
 		 354 aa  335  7e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  48.02 
 
 		 354 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  47.73 
 
 		 352 aa  329  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  46.51 
 
 		 342 aa  309  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  46.78 
 
 		 344 aa  298  9e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  45.45 
 
 		 347 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  45.45 
 
 		 372 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  46.44 
 
 		 342 aa  293  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  44.96 
 
 		 353 aa  288  9e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  43.87 
 
 		 353 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  44.6 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  44.6 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  44.54 
 
 		 356 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  42.58 
 
 		 361 aa  285  7e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  43.58 
 
 		 365 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  44.7 
 
 		 342 aa  281  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  44.8 
 
 		 346 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  43.73 
 
 		 359 aa  279  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  43.09 
 
 		 369 aa  277  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  43.75 
 
 		 348 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  44.89 
 
 		 347 aa  277  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  42.77 
 
 		 351 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  39.05 
 
 		 342 aa  219  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  38.4 
 
 		 349 aa  209  7e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  38.57 
 
 		 346 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  37.87 
 
 		 346 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  37.09 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  35.24 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  33.12 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  32.81 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  32.81 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  32.39 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  32.71 
 
 		 313 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  32.71 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  32.4 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  32.4 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  31.06 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  30 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  30.58 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  29.86 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  32.6 
 
 		 321 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  30.84 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  31 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  30.88 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  29.39 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.87 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  28.48 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.91 
 
 		 345 aa  89.7  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  27.74 
 
 		 362 aa  78.2  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.86 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  25.14 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.79 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  28.29 
 
 		 342 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  28.98 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  22.7 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.36 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  25.87 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  25.5 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  29.47 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.88 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  23.73 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  36.43 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.93 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  20.97 
 
 		 366 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  26.52 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2108  porin signal peptide protein  28.69 
 
 		 381 aa  55.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0434327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  25.08 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.69 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  27.78 
 
 		 360 aa  54.7  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  27.16 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  25.07 
 
 		 355 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  25.56 
 
 		 384 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  24.25 
 
 		 385 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  27.27 
 
 		 384 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  24.83 
 
 		 348 aa  53.1  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  25.56 
 
 		 373 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  25.56 
 
 		 373 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  25.56 
 
 		 373 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  24.31 
 
 		 385 aa  52.8  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  27.27 
 
 		 373 aa  52.8  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  25.75 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1228  OmpC family outer membrane porin  26.13 
 
 		 387 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.208027 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  34.06 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0545  OmpC family outer membrane porin  24.32 
 
 		 352 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2364  OmpC family outer membrane porin  31.21 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  27.81 
 
 		 319 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  29.31 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  25.14 
 
 		 344 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  29.19 
 
 		 362 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  31.34 
 
 		 362 aa  50.4  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  27.27 
 
 		 378 aa  50.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>