222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2690 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2690  porin  100 
 
 		 317 aa  640    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  68.31 
 
 		 316 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  70.35 
 
 		 314 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  67.69 
 
 		 316 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  72.14 
 
 		 314 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  68.73 
 
 		 314 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  68.11 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  68.11 
 
 		 314 aa  427  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  68.45 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  67.8 
 
 		 314 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  68.11 
 
 		 314 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  68.62 
 
 		 316 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  67.49 
 
 		 314 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  68.01 
 
 		 313 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  67.28 
 
 		 315 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  66.16 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  37.2 
 
 		 340 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  32.29 
 
 		 348 aa  159  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  38.44 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  31.41 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  32.86 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.46 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  31.61 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  30.58 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.95 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.95 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  31.23 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  28.8 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  29.3 
 
 		 346 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.4 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  30.64 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  31.65 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  31.36 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  31.42 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  28.88 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  29.46 
 
 		 354 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  27.7 
 
 		 372 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  29.46 
 
 		 354 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.9 
 
 		 354 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  29.01 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.9 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  31.61 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.73 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  29.41 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  28.12 
 
 		 354 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  28.57 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  31.34 
 
 		 355 aa  125  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.35 
 
 		 354 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  27.08 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  28.96 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  26.76 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  27.79 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  28.27 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  29.39 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  31.01 
 
 		 362 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  32.74 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  26.79 
 
 		 351 aa  106  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  30.56 
 
 		 367 aa  93.2  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.63 
 
 		 342 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.4 
 
 		 339 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  28.57 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.06 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  25.07 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.03 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.78 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.68 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  29.89 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  26.33 
 
 		 373 aa  59.3  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.39 
 
 		 344 aa  59.3  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  25.08 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.66 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  26.07 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.66 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.74 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  26.07 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  29.39 
 
 		 351 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  25.08 
 
 		 331 aa  57  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.06 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  23.38 
 
 		 326 aa  56.6  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.9 
 
 		 366 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  26.97 
 
 		 365 aa  55.8  0.0000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  24.5 
 
 		 358 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  24.11 
 
 		 365 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  24.5 
 
 		 358 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  29.68 
 
 		 368 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  24.5 
 
 		 358 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  23.53 
 
 		 358 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  22.6 
 
 		 350 aa  53.9  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  24.84 
 
 		 358 aa  53.5  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  23.84 
 
 		 361 aa  53.9  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  23.53 
 
 		 358 aa  53.9  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  28.02 
 
 		 385 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  23.88 
 
 		 358 aa  53.5  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  26.23 
 
 		 360 aa  53.5  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  24.36 
 
 		 333 aa  53.5  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  29.71 
 
 		 365 aa  52.8  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  28.02 
 
 		 385 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.42 
 
 		 351 aa  52.8  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  25.76 
 
 		 375 aa  52.8  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  24.93 
 
 		 374 aa  52.8  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>