279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2403 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  100 
 
 
351 aa  722    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  60.68 
 
 
349 aa  461  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  59.83 
 
 
346 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  64.31 
 
 
346 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  56.98 
 
 
345 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  37.33 
 
 
344 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  37.81 
 
 
352 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  36.26 
 
 
347 aa  199  5e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  35.79 
 
 
355 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  37.09 
 
 
338 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  36.36 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  37.12 
 
 
346 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  37.09 
 
 
342 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  36.03 
 
 
342 aa  192  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  36.68 
 
 
356 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  36.61 
 
 
354 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  36.07 
 
 
354 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  35.07 
 
 
354 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  35.52 
 
 
354 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  35.58 
 
 
354 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  35.6 
 
 
354 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  35.52 
 
 
354 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  34.52 
 
 
342 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  35.9 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  36.16 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  34.93 
 
 
354 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  34.93 
 
 
354 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  34.97 
 
 
348 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  33.59 
 
 
365 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  33.15 
 
 
347 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  33.15 
 
 
372 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  33.69 
 
 
353 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  33.85 
 
 
369 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  33.68 
 
 
361 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  35.6 
 
 
353 aa  169  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  31.02 
 
 
351 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  31.59 
 
 
342 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  31.08 
 
 
314 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  32.32 
 
 
314 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  32.09 
 
 
314 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  32.09 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.1 
 
 
314 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.77 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  30.79 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  30.49 
 
 
314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.9 
 
 
316 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  29.88 
 
 
316 aa  112  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  28.91 
 
 
321 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  28.75 
 
 
308 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.05 
 
 
314 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  30 
 
 
316 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  26.06 
 
 
315 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  26.79 
 
 
317 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  25.37 
 
 
340 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.41 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.96 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  25.89 
 
 
339 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  25.42 
 
 
365 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  25.57 
 
 
362 aa  61.6  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  26.67 
 
 
380 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.59 
 
 
374 aa  61.2  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  28.42 
 
 
333 aa  60.1  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.51 
 
 
336 aa  60.1  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  32.37 
 
 
349 aa  59.3  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
384 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  25.53 
 
 
384 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
384 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  25.53 
 
 
384 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  27.27 
 
 
326 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  25.53 
 
 
384 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  25.45 
 
 
380 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  24.23 
 
 
336 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  23.74 
 
 
357 aa  57.4  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  25.53 
 
 
384 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  30.06 
 
 
386 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  28.07 
 
 
338 aa  56.6  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1115  outer membrane porin  25 
 
 
384 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  25.37 
 
 
379 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  27.35 
 
 
383 aa  56.2  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  25.37 
 
 
380 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  28.74 
 
 
360 aa  55.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  30.19 
 
 
393 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  27.33 
 
 
390 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  30.64 
 
 
386 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  26.76 
 
 
380 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  30.64 
 
 
386 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  28.93 
 
 
393 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  28.16 
 
 
430 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  24.73 
 
 
361 aa  54.7  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  27.59 
 
 
430 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  27.59 
 
 
430 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  30.64 
 
 
386 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  30.64 
 
 
386 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  27.59 
 
 
430 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  30.64 
 
 
386 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  27.59 
 
 
430 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  21.27 
 
 
319 aa  53.5  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  27.07 
 
 
362 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  27.59 
 
 
430 aa  53.5  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  23.5 
 
 
380 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>