181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2681 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  100 
 
 		 347 aa  700    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  99.71 
 
 		 372 aa  697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  52.66 
 
 		 353 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  54.55 
 
 		 346 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  54.49 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  51.64 
 
 		 361 aa  359  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  52.56 
 
 		 342 aa  354  1e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  51.68 
 
 		 354 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  51.68 
 
 		 354 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  53.04 
 
 		 356 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  52.1 
 
 		 353 aa  352  8e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  50.14 
 
 		 365 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  51.98 
 
 		 342 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  52.6 
 
 		 359 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  51.4 
 
 		 344 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  50.4 
 
 		 369 aa  341  9e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  50.28 
 
 		 347 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  50.28 
 
 		 342 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  49.05 
 
 		 354 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  47.81 
 
 		 352 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  47.27 
 
 		 354 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  47.27 
 
 		 354 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  47.41 
 
 		 354 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  47.41 
 
 		 354 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  47.96 
 
 		 354 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  48.72 
 
 		 351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  47.14 
 
 		 354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  47.14 
 
 		 354 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  46.59 
 
 		 354 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  46.74 
 
 		 355 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  47.55 
 
 		 338 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  36.09 
 
 		 349 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  35.38 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  34.9 
 
 		 345 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  35.73 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  33.43 
 
 		 351 aa  172  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  35.28 
 
 		 342 aa  172  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  30.33 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  30.06 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  29.76 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  29.46 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  28.87 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  28.87 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  28.24 
 
 		 317 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  28.61 
 
 		 340 aa  126  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  28.57 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  28.57 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  27.33 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  27.71 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  26.92 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.73 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  26.76 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.83 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  26.86 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  25.85 
 
 		 302 aa  93.6  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  26.56 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  27.11 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  28.62 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  25.18 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  24.19 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  23.51 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  23.62 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  28.57 
 
 		 362 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  29.12 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  29.12 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  23.26 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  26.61 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.72 
 
 		 350 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  23.34 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.04 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  29.13 
 
 		 361 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  22.48 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  31.54 
 
 		 383 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  25.77 
 
 		 344 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  23.99 
 
 		 394 aa  53.9  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  28.79 
 
 		 376 aa  53.5  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  24.28 
 
 		 361 aa  53.5  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6095  porin  26.26 
 
 		 405 aa  53.5  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0168383  normal  0.319683 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  29.57 
 
 		 376 aa  53.5  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  25.82 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  32.12 
 
 		 362 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0935  OmpC family outer membrane porin  28.57 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000655737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  27.13 
 
 		 376 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  25.12 
 
 		 338 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  26.91 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0274  OmpC family outer membrane porin  28 
 
 		 350 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000878136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  25.56 
 
 		 361 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  25 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.04 
 
 		 371 aa  50.8  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  28 
 
 		 379 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  29.73 
 
 		 357 aa  49.7  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  28.72 
 
 		 399 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0843  OmpC family outer membrane porin  27.49 
 
 		 375 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0712597 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  22.73 
 
 		 368 aa  49.7  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  22.25 
 
 		 336 aa  49.7  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>