117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0503 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0503  porin  100 
 
 
347 aa  697    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  73.64 
 
 
342 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  72.65 
 
 
344 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  72.11 
 
 
348 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  68.48 
 
 
342 aa  488  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  69.52 
 
 
342 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  64.84 
 
 
354 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  64.84 
 
 
354 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  65.17 
 
 
346 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  62.4 
 
 
365 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  64.19 
 
 
353 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  63.74 
 
 
356 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  60.43 
 
 
361 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  61.74 
 
 
369 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  62.57 
 
 
359 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  58.47 
 
 
353 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  55.46 
 
 
351 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  57.18 
 
 
354 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  55.56 
 
 
352 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  54.27 
 
 
355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  52.47 
 
 
354 aa  354  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  54.7 
 
 
354 aa  354  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  52.2 
 
 
354 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  54.14 
 
 
354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  54.14 
 
 
354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  53.87 
 
 
354 aa  352  4e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  54.14 
 
 
354 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  52.21 
 
 
354 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  50.28 
 
 
347 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  50.28 
 
 
372 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  45.99 
 
 
338 aa  275  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  37.22 
 
 
346 aa  202  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  36.87 
 
 
351 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  35.14 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  35.59 
 
 
349 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  34.8 
 
 
346 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  32.94 
 
 
342 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  30.55 
 
 
314 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  33.99 
 
 
314 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  32.73 
 
 
314 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  32.73 
 
 
314 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  30.84 
 
 
314 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  31.85 
 
 
315 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  31.17 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  30.09 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  29.75 
 
 
308 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  32 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  32.13 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  32.13 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  32.13 
 
 
314 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  32.13 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  28.62 
 
 
316 aa  126  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  26.8 
 
 
340 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  31.82 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  29.74 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  28.27 
 
 
345 aa  99.4  8e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.12 
 
 
362 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  30 
 
 
339 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  28.19 
 
 
342 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  28.87 
 
 
367 aa  73.2  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.16 
 
 
329 aa  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  25.07 
 
 
374 aa  63.2  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  26.25 
 
 
349 aa  58.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.07 
 
 
357 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  25.72 
 
 
350 aa  57  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.09 
 
 
371 aa  56.6  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  27.19 
 
 
394 aa  56.2  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.71 
 
 
338 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  24.29 
 
 
363 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  27.98 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4118  porin Gram-negative type  23.08 
 
 
342 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.93 
 
 
336 aa  51.6  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  25.14 
 
 
336 aa  51.6  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  26.06 
 
 
376 aa  50.8  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.1 
 
 
366 aa  50.8  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  27.59 
 
 
394 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  32.8 
 
 
383 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  25.86 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  25.14 
 
 
387 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  24.71 
 
 
349 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  24.86 
 
 
327 aa  48.5  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  24.68 
 
 
352 aa  47  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  24.72 
 
 
368 aa  47  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  22.51 
 
 
368 aa  46.6  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  32.7 
 
 
421 aa  46.2  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  32.7 
 
 
421 aa  46.2  0.0009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  32.7 
 
 
397 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4439  porin  25.91 
 
 
369 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.989602  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3975  porin  25.91 
 
 
369 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0863036  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  27.03 
 
 
338 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4097  porin  26.22 
 
 
367 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.334732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  32.08 
 
 
397 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2206  outer membrane porin  24.04 
 
 
387 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0690503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  27.66 
 
 
357 aa  44.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  29.23 
 
 
361 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  32.03 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  24.7 
 
 
363 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  24.7 
 
 
363 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4101  porin  34.4 
 
 
372 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0152  porin Gram-negative type  25.26 
 
 
326 aa  44.7  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>