200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1420 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 345 aa  713    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  67.25 
 
 		 346 aa  489  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  68.48 
 
 		 346 aa  480  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  66.38 
 
 		 349 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  58.26 
 
 		 351 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  38.51 
 
 		 352 aa  212  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  38.14 
 
 		 354 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  38.7 
 
 		 354 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  39.03 
 
 		 354 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  36.77 
 
 		 354 aa  206  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  39.71 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  38.7 
 
 		 354 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  38.42 
 
 		 354 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  37.57 
 
 		 354 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  36.91 
 
 		 355 aa  203  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  36.89 
 
 		 354 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  36.23 
 
 		 344 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  36.42 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  36.06 
 
 		 342 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  37.18 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  35.14 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  34.9 
 
 		 347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  35.41 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  34.63 
 
 		 346 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  33.7 
 
 		 351 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  37.78 
 
 		 348 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  34.81 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  33.7 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  34.78 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  33.96 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  33.96 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  32.89 
 
 		 365 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  33.33 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  32.88 
 
 		 359 aa  169  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  33.79 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  32.9 
 
 		 369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  31.21 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.51 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  28.44 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.8 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  26.99 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  26.99 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  26.99 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  27.95 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  26.99 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  27.27 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  26.61 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  26.61 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  26.61 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  28.67 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  26.73 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  28.31 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.03 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  25.3 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  27.57 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  22.1 
 
 		 342 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  24.75 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0103  outer membrane porin OpcP  27.68 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.660902  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  22.45 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  26.46 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  23.9 
 
 		 374 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  31.48 
 
 		 357 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  23.15 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  23.15 
 
 		 379 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  23.15 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  23.15 
 
 		 379 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  23.15 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  31.85 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  20.7 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  22.53 
 
 		 362 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  23.15 
 
 		 379 aa  52.8  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  22.53 
 
 		 362 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  21.49 
 
 		 383 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  24.22 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  31.85 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  22.53 
 
 		 362 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  26.09 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  24.5 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0875  outer membrane insertion C-terminal signal  21.1 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  31.85 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  25.11 
 
 		 380 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  23.01 
 
 		 379 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  22.68 
 
 		 371 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0863  porin  20.8 
 
 		 380 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000949722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  29.61 
 
 		 362 aa  49.7  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  33.33 
 
 		 394 aa  49.7  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  23.77 
 
 		 380 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  32.2 
 
 		 362 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  27.68 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  27.68 
 
 		 386 aa  49.7  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5355  porin Gram-negative type  24.49 
 
 		 383 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.483069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  27.68 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  27.12 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  23.83 
 
 		 381 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  28.1 
 
 		 379 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1254  OmpC family outer membrane porin  25.89 
 
 		 409 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.393041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  25.17 
 
 		 361 aa  48.1  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  23.77 
 
 		 379 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  23.77 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1023  outer membrane protein (porin)  20.78 
 
 		 361 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.615146  normal  0.0954699 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>