More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3750 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  40.33 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  39.13 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  38.36 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  39.13 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  38.87 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  38.8 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  38.46 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  36.59 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  39 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  37.46 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  37.12 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  38.61 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  36.79 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  32.81 
 
 		 340 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  36.79 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  37.22 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  35.39 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  34.62 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  31.82 
 
 		 347 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  32.24 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  30.66 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  28.53 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.35 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  27.48 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  27.96 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  29.29 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.36 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.57 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  27.55 
 
 		 356 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  27.01 
 
 		 342 aa  99  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  27.89 
 
 		 346 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  26.44 
 
 		 342 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  27.3 
 
 		 353 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  30.46 
 
 		 345 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  27.12 
 
 		 359 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  27.5 
 
 		 354 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  27.5 
 
 		 354 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  27.5 
 
 		 354 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  27.97 
 
 		 351 aa  95.5  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  28.79 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  25.85 
 
 		 372 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  26.65 
 
 		 353 aa  93.6  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  25.85 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  26.39 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  35.62 
 
 		 368 aa  91.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  28.25 
 
 		 355 aa  91.3  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.19 
 
 		 338 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  27.44 
 
 		 349 aa  90.5  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  25.61 
 
 		 361 aa  90.5  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  26.32 
 
 		 354 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  26.54 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  26.15 
 
 		 365 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  26.72 
 
 		 369 aa  87.8  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  27.02 
 
 		 354 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  27.89 
 
 		 354 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  26.74 
 
 		 354 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  26.57 
 
 		 351 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  30 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  28.85 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  26.69 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  28.78 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  26.46 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  35.23 
 
 		 354 aa  84.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  26.41 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  27.95 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  28.28 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  36.81 
 
 		 359 aa  75.9  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  28.66 
 
 		 371 aa  72.8  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.87 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  27.73 
 
 		 362 aa  67  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  28.87 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  29.39 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  27.7 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.78 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  24.76 
 
 		 365 aa  66.2  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  30.96 
 
 		 335 aa  65.9  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  26.94 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  31.52 
 
 		 384 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  28.99 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  26.42 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000050808  unclonable  0.0000817359 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  24.84 
 
 		 327 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  27.02 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  27.61 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  24.09 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  28.89 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  25.49 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  26.74 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  27.2 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  35.23 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0350  porin  30.05 
 
 		 431 aa  59.3  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.675543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  30.58 
 
 		 383 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  36.03 
 
 		 413 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  39.66 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  27.83 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  28.72 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  30.95 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1463  porin  24.74 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000881778  normal  0.0418658 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  36.21 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.95 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>