More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3117 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3117  porin  100 
 
 		 360 aa  723    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  46.24 
 
 		 344 aa  253  5.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  43.43 
 
 		 352 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  41.4 
 
 		 335 aa  212  7e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  35.81 
 
 		 350 aa  186  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  36.03 
 
 		 369 aa  185  8e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  37.14 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  33.33 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  34.91 
 
 		 349 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  33.24 
 
 		 413 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.27 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  33.6 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  34.87 
 
 		 362 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  34.62 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.38 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  33.69 
 
 		 359 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  33.8 
 
 		 387 aa  126  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  33.33 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  30.79 
 
 		 372 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  31.42 
 
 		 389 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0747  porin  32.98 
 
 		 386 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00334345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  30.85 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  31.13 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5359  porin  31.52 
 
 		 376 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.292845  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  31.39 
 
 		 368 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  28.46 
 
 		 370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  28.71 
 
 		 436 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  30.42 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  30.42 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  30.42 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  30.42 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  30.42 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  28.71 
 
 		 436 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  31.47 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  30.37 
 
 		 355 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  30.37 
 
 		 355 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  30.66 
 
 		 359 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.33 
 
 		 354 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3529  porin  30.31 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327335 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  32.11 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  30.42 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  31.52 
 
 		 362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  32.59 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  30.62 
 
 		 387 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  35 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.59 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.33 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  31.18 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0415  OmpC family outer membrane porin  29.77 
 
 		 386 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  30.17 
 
 		 383 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  31.39 
 
 		 341 aa  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.69 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  32.08 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  31.02 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  30.32 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3634  outer membrane protein, (porin)  30.86 
 
 		 383 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3897  porin  30.84 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.239452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  30.05 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  32.8 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  30.35 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  30.35 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  31.14 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  31.14 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  31.48 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  30.17 
 
 		 362 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0497  OmpC family outer membrane porin  29.65 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0440197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  31.79 
 
 		 357 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  31.14 
 
 		 383 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  31.28 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  30.75 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  28.57 
 
 		 397 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  29.77 
 
 		 355 aa  106  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  30.48 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3623  porin  30.54 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  29.32 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  28.81 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  46.1 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  29.37 
 
 		 387 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7203  porin Gram-negative type  33.88 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.67 
 
 		 358 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  29.43 
 
 		 386 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  29.27 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1354  porin  31.06 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0786529 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  30.27 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  31.08 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  29.82 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.45 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0667  OmpC family outer membrane porin  28.43 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000990839  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  31.18 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  31.18 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  30.1 
 
 		 390 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2492  outer membrane protein (porin)  29.91 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0279095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2171  porin Gram-negative type  30.84 
 
 		 400 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  31.18 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  31.25 
 
 		 400 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  28.57 
 
 		 421 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  31.18 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  28.57 
 
 		 421 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  31.18 
 
 		 363 aa  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  32.21 
 
 		 414 aa  103  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>