More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0527 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0527  porin  100 
 
 		 352 aa  702    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  49.72 
 
 		 344 aa  291  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  48.85 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  43.43 
 
 		 360 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  36.72 
 
 		 369 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  37.09 
 
 		 350 aa  200  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  36.21 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  36.36 
 
 		 374 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0747  porin  33.08 
 
 		 386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00334345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  35.98 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  32.45 
 
 		 370 aa  139  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  33.24 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.29 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  33.82 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  34.44 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  32.02 
 
 		 341 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  33.67 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  34.51 
 
 		 351 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  34.82 
 
 		 356 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  35.44 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  35.44 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  31.74 
 
 		 340 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  33.7 
 
 		 356 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  34.38 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  33.33 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  32.97 
 
 		 358 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  32.12 
 
 		 361 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  33.33 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  30.02 
 
 		 387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  31.77 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  32.01 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  32.78 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  32.78 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  32.78 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  32.69 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.15 
 
 		 354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  32.69 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  32.29 
 
 		 342 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  30.05 
 
 		 372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  31.87 
 
 		 358 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  31.25 
 
 		 414 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  33.71 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  33.71 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  29.67 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.28 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  31.3 
 
 		 385 aa  110  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  34.6 
 
 		 344 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  32.72 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  32.72 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  30.49 
 
 		 358 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.75 
 
 		 329 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  32.03 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  31.75 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  32.87 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  32.43 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  30.3 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  30.3 
 
 		 358 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  33.43 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  30.3 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  33.78 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  29.05 
 
 		 348 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  31.95 
 
 		 344 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  32.76 
 
 		 348 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  28.92 
 
 		 354 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  32.22 
 
 		 358 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  32.49 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  30.35 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  29.23 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  32.81 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  32.09 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  30.28 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  31.12 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  31.12 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0404  outer membrane protein (porin)  34.02 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  31 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  29.03 
 
 		 387 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  28.27 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  30.19 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  31.38 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  30.47 
 
 		 383 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  30.46 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  29.59 
 
 		 392 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  30.05 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  30.05 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  29.59 
 
 		 392 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  28.69 
 
 		 356 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  29.95 
 
 		 350 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5024  porin  31.07 
 
 		 397 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  31.61 
 
 		 363 aa  99.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  29.9 
 
 		 436 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  31.34 
 
 		 361 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  30.73 
 
 		 357 aa  99.4  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  29.95 
 
 		 350 aa  99.4  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  30.05 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  30.05 
 
 		 384 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  30.66 
 
 		 421 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  30.66 
 
 		 421 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  29.97 
 
 		 367 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  29.9 
 
 		 386 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  28.43 
 
 		 391 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>