More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2855 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  100 
 
 
389 aa  786    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  86.48 
 
 
392 aa  692    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  86.48 
 
 
392 aa  692    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  56.41 
 
 
385 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  53.14 
 
 
387 aa  352  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  50.97 
 
 
387 aa  350  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  48.06 
 
 
398 aa  342  5.999999999999999e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  48.08 
 
 
367 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  47.46 
 
 
387 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  47.09 
 
 
388 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  47.23 
 
 
393 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  48.68 
 
 
362 aa  318  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  47.55 
 
 
378 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  44.29 
 
 
386 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  48.6 
 
 
386 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  44.79 
 
 
391 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  43.61 
 
 
379 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  44.39 
 
 
384 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  44.31 
 
 
382 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  43.07 
 
 
381 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  44.76 
 
 
381 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  44.02 
 
 
368 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  41.79 
 
 
371 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  43.98 
 
 
379 aa  260  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  42.79 
 
 
374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  41.15 
 
 
386 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  41.15 
 
 
386 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  40.9 
 
 
354 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  40.4 
 
 
352 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  40.48 
 
 
401 aa  235  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  39.8 
 
 
368 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  39 
 
 
367 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  36.64 
 
 
357 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  37.91 
 
 
377 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.87 
 
 
355 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  39.14 
 
 
402 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  39.24 
 
 
355 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  39.24 
 
 
355 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  38.66 
 
 
356 aa  225  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  40 
 
 
379 aa  222  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  38.48 
 
 
354 aa  219  6e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  38.56 
 
 
353 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  36.97 
 
 
362 aa  215  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  37.6 
 
 
355 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  38.67 
 
 
367 aa  209  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.95 
 
 
358 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  36.84 
 
 
352 aa  202  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  35.78 
 
 
363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  36.44 
 
 
363 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  36.44 
 
 
363 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  36.44 
 
 
363 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  36.16 
 
 
449 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  36.44 
 
 
363 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  36.44 
 
 
363 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  36.1 
 
 
358 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  34.52 
 
 
359 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  36.06 
 
 
353 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  34.52 
 
 
359 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  36.16 
 
 
359 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  36.77 
 
 
363 aa  193  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  36.32 
 
 
383 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  33.74 
 
 
383 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  33.74 
 
 
383 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.58 
 
 
376 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.16 
 
 
363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  33.5 
 
 
383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  34.22 
 
 
383 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  34.17 
 
 
383 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  36.43 
 
 
376 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  34.77 
 
 
359 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  34.77 
 
 
359 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  34.77 
 
 
359 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  34.77 
 
 
359 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  36.19 
 
 
376 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  36.69 
 
 
383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  37.05 
 
 
389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  34.93 
 
 
363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  33 
 
 
357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  36 
 
 
392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  35.35 
 
 
436 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  34.87 
 
 
386 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  34.87 
 
 
386 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  34.87 
 
 
386 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  34.87 
 
 
386 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  34.87 
 
 
386 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  34.87 
 
 
436 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  34.38 
 
 
385 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  33.25 
 
 
361 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  34.38 
 
 
385 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.45 
 
 
384 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  35.09 
 
 
351 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  34.89 
 
 
350 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  35.65 
 
 
387 aa  180  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  35.59 
 
 
359 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  34.56 
 
 
363 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  34.62 
 
 
386 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  35.34 
 
 
368 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.33 
 
 
353 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  34.47 
 
 
383 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  34.71 
 
 
383 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>