More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1088 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1088  porin  100 
 
 		 414 aa  820    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  67.86 
 
 		 400 aa  540  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  66.34 
 
 		 381 aa  503  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  63.46 
 
 		 387 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  61.88 
 
 		 385 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  51.6 
 
 		 426 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  50.34 
 
 		 431 aa  354  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  45.22 
 
 		 349 aa  289  6e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  44.66 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  44.04 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  42.62 
 
 		 339 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  41.97 
 
 		 351 aa  253  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  40.29 
 
 		 362 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  39.62 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  40.82 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  38.69 
 
 		 355 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  40.71 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  39.14 
 
 		 344 aa  217  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  38.71 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  38.7 
 
 		 348 aa  188  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  35.02 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  35.71 
 
 		 338 aa  171  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.97 
 
 		 374 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  34.92 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  36.26 
 
 		 372 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  34.2 
 
 		 358 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  34.69 
 
 		 369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.93 
 
 		 335 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  32.39 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  34.5 
 
 		 344 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  31.52 
 
 		 350 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  32.21 
 
 		 360 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  34.55 
 
 		 335 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  31.86 
 
 		 370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  31.62 
 
 		 352 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  32.64 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  31.37 
 
 		 372 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  34.74 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  31.82 
 
 		 392 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  31.82 
 
 		 392 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  29.56 
 
 		 384 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  30.88 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  30.23 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.43 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  31.79 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  31.79 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  28.17 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  30.14 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.25 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  28.87 
 
 		 340 aa  99.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  30.67 
 
 		 342 aa  99  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  30.84 
 
 		 383 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  31 
 
 		 359 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  29.31 
 
 		 327 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.01 
 
 		 344 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  29.61 
 
 		 344 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  30.34 
 
 		 354 aa  96.3  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  26.86 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  27.34 
 
 		 382 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  28.31 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  33.11 
 
 		 367 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  31.55 
 
 		 356 aa  93.2  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  27.21 
 
 		 359 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  30 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  28.67 
 
 		 373 aa  92.8  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.17 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  39.31 
 
 		 220 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  44 
 
 		 449 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  29.33 
 
 		 402 aa  90.9  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  44 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  44 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  44 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  44 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  44 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  29.32 
 
 		 380 aa  90.1  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.94 
 
 		 367 aa  89.7  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  27.59 
 
 		 363 aa  89.7  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  28.72 
 
 		 354 aa  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  29.17 
 
 		 347 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  29.1 
 
 		 353 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  27.42 
 
 		 358 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  29.27 
 
 		 350 aa  89  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  27.25 
 
 		 356 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  30.6 
 
 		 356 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  26.54 
 
 		 356 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  26.54 
 
 		 356 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  29.3 
 
 		 365 aa  88.2  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  27.68 
 
 		 358 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  28.54 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  31.45 
 
 		 387 aa  87.4  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6809  porin gram-negative type  28.9 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.357402  hitchhiker  0.0000584942 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  27.91 
 
 		 355 aa  87  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  29.63 
 
 		 355 aa  87  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  30.13 
 
 		 360 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  34.62 
 
 		 436 aa  86.7  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  30.66 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  28.71 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  34.62 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  26.65 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000336209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  29.83 
 
 		 361 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>