More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4991 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4991  porin  100 
 
 		 393 aa  795    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  67.76 
 
 		 388 aa  542  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  65.48 
 
 		 387 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  70.51 
 
 		 387 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  63.27 
 
 		 391 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  62.97 
 
 		 386 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  64.97 
 
 		 386 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  61.21 
 
 		 387 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  60.2 
 
 		 398 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  46.99 
 
 		 392 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  46.99 
 
 		 392 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  47.23 
 
 		 389 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  52.92 
 
 		 362 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  47.62 
 
 		 378 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  43.85 
 
 		 379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  45.91 
 
 		 382 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  45.02 
 
 		 381 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  43.95 
 
 		 384 aa  296  6e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  46.74 
 
 		 381 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  43.11 
 
 		 367 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  40.64 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  41.52 
 
 		 354 aa  249  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  40.73 
 
 		 385 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  41.82 
 
 		 401 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  39.39 
 
 		 352 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  42.19 
 
 		 368 aa  240  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  38.78 
 
 		 367 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  39.54 
 
 		 353 aa  239  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  41.79 
 
 		 402 aa  239  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  39.56 
 
 		 371 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  41.41 
 
 		 355 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  41.41 
 
 		 355 aa  232  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  41.36 
 
 		 355 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  41.13 
 
 		 379 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.87 
 
 		 368 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  41.79 
 
 		 374 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  39.85 
 
 		 386 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  39.85 
 
 		 386 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  36.75 
 
 		 357 aa  223  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  39.85 
 
 		 355 aa  219  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  38.99 
 
 		 377 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  38.74 
 
 		 379 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  37.97 
 
 		 351 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  37.6 
 
 		 353 aa  207  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  35.93 
 
 		 362 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  34.96 
 
 		 383 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  34.96 
 
 		 383 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  37.12 
 
 		 383 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  37.53 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  34.72 
 
 		 383 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  35.54 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  37.8 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  33.99 
 
 		 383 aa  196  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  34.31 
 
 		 383 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  34.16 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  34.85 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  34.85 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  33.5 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  32.9 
 
 		 357 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  34.96 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  36.83 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  32.93 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  39.09 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  36.5 
 
 		 365 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.75 
 
 		 449 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  33.68 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  36.09 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.5 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.5 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.5 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.5 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.5 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  35.57 
 
 		 363 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  36.28 
 
 		 389 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  36.01 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.75 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  35.62 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  35.11 
 
 		 384 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  35.11 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  34.41 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  34.41 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  34.41 
 
 		 373 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  33.97 
 
 		 379 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.04 
 
 		 363 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  36.43 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  34.88 
 
 		 354 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  34.88 
 
 		 354 aa  167  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  34.43 
 
 		 386 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  34.43 
 
 		 386 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  34.1 
 
 		 373 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  35.42 
 
 		 392 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  35.07 
 
 		 389 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.2 
 
 		 386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  35.42 
 
 		 363 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  33.82 
 
 		 378 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  33.33 
 
 		 377 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  30.92 
 
 		 359 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  30.92 
 
 		 359 aa  163  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  35.12 
 
 		 363 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  35.12 
 
 		 363 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>