More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3100 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  86.48 
 
 		 389 aa  692    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  100 
 
 		 392 aa  793    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  100 
 
 		 392 aa  793    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  57 
 
 		 385 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  53.03 
 
 		 387 aa  348  7e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  48.79 
 
 		 398 aa  346  5e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  48.56 
 
 		 387 aa  344  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  48.19 
 
 		 387 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  46.99 
 
 		 393 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  47.1 
 
 		 388 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  48.22 
 
 		 367 aa  332  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  52.39 
 
 		 362 aa  329  6e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  47.57 
 
 		 378 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  45.78 
 
 		 391 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  45.61 
 
 		 384 aa  301  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  47.58 
 
 		 386 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  43.48 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  44.93 
 
 		 381 aa  295  7e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  45.54 
 
 		 382 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  42.79 
 
 		 379 aa  293  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  46.45 
 
 		 381 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  45.23 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  42.82 
 
 		 371 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  42.18 
 
 		 379 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  41.19 
 
 		 374 aa  249  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  40.72 
 
 		 386 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  40.46 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  37.63 
 
 		 357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  41.15 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  39.56 
 
 		 354 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  41.46 
 
 		 355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  41.46 
 
 		 355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  39.34 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  38.75 
 
 		 377 aa  233  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  40.39 
 
 		 368 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  39.67 
 
 		 402 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  39.43 
 
 		 353 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  41.13 
 
 		 355 aa  229  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  40.28 
 
 		 401 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  41.05 
 
 		 379 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  37.88 
 
 		 367 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  39.22 
 
 		 354 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  37.78 
 
 		 367 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  37.44 
 
 		 356 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  37.71 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  37.08 
 
 		 362 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  36.55 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  39.35 
 
 		 353 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  35.93 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  35.93 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  36.79 
 
 		 383 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  37.64 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  37.89 
 
 		 376 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  34.06 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.42 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.17 
 
 		 449 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.42 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.74 
 
 		 358 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.42 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  34.24 
 
 		 361 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.42 
 
 		 363 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.42 
 
 		 363 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.75 
 
 		 363 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  36.18 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  36.18 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  36.18 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  36.18 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.34 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  35.94 
 
 		 353 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  33.5 
 
 		 357 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  37.17 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  32.05 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  32.05 
 
 		 383 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  35.34 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  31.81 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  33.25 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  35.42 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  36.71 
 
 		 376 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  34.41 
 
 		 383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  34.68 
 
 		 413 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  36.14 
 
 		 368 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  37.16 
 
 		 392 aa  183  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  34.76 
 
 		 359 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  34.53 
 
 		 436 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  36.47 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  36.84 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  36.84 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  35.85 
 
 		 386 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  33.81 
 
 		 436 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  33.81 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  33.81 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  33.81 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  33.81 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  33.81 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  33.41 
 
 		 385 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.41 
 
 		 385 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  36.62 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  36.32 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  36.62 
 
 		 386 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  33.68 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>