More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5890 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  100 
 
 		 358 aa  722    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  35.96 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  33.42 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  32.17 
 
 		 387 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  35.42 
 
 		 351 aa  139  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1789  outer membrane porin  31.82 
 
 		 399 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1817  putative outer membrane porin  31.82 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.356492  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1106  putative outer membrane porin  31.82 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0815  putative outer membrane porin  31.82 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2079  putative outer membrane porin  31.82 
 
 		 399 aa  133  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0357  outer membrane porin  31.47 
 
 		 391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614189  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  31.58 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  30.18 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.15 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  30.61 
 
 		 380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  32.41 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  32.99 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  31.4 
 
 		 380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.78 
 
 		 358 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  30.61 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.1 
 
 		 367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  30.59 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  32.45 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  32.18 
 
 		 390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5776  porin  32.26 
 
 		 390 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.524151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6141  porin  32.26 
 
 		 390 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.593112 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1699  OmpC family outer membrane porin  30.56 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0712335  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  31.99 
 
 		 394 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6621  porin  30.73 
 
 		 390 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.112273  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  30.68 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  28.61 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  28.87 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  30.68 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  32.67 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  32.23 
 
 		 393 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  28.87 
 
 		 376 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  30.43 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  29.88 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  30.4 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  30.4 
 
 		 362 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  29.72 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2747  OmpC family outer membrane porin  32.12 
 
 		 378 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  29.88 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4385  porin  30.96 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  30.3 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  29.72 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  33.33 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  33.15 
 
 		 379 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  32.19 
 
 		 396 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7685  outer membrane protein (porin)  31.55 
 
 		 390 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.350624 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  30.85 
 
 		 385 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  30.85 
 
 		 385 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  28.99 
 
 		 430 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  28.99 
 
 		 430 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  28.99 
 
 		 384 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  31.44 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  28.99 
 
 		 411 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  32.32 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  30.56 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  28.99 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  28.99 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  31.35 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  30.86 
 
 		 379 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1989  porin Gram-negative type  29.78 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.508045 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4216  porin  32.32 
 
 		 380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  31.14 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  28.99 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.6 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  28.01 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  31.48 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  30.87 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  29.58 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  31.28 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0519  porin  29.7 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  28.73 
 
 		 411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.8 
 
 		 402 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  33.44 
 
 		 379 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  32.17 
 
 		 387 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  29.65 
 
 		 414 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  32.62 
 
 		 380 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  31.83 
 
 		 376 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  31.89 
 
 		 386 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0066  porin  29.7 
 
 		 383 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0548  porin  29.7 
 
 		 383 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979197  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3460  OmpC family outer membrane porin  29.31 
 
 		 383 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.460184 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  31.19 
 
 		 383 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  30.1 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  31.63 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  30.61 
 
 		 389 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  30.18 
 
 		 394 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  31.68 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  29.95 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  31.11 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  30.61 
 
 		 389 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>