More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2262 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  100 
 
 		 356 aa  714    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  98.31 
 
 		 356 aa  704    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  87.84 
 
 		 352 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  87.84 
 
 		 352 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  81.27 
 
 		 351 aa  554  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  59.34 
 
 		 361 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  57.73 
 
 		 359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0154  porin  57.79 
 
 		 367 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167447  normal  0.122543 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  60.3 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  60.3 
 
 		 387 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  60.3 
 
 		 358 aa  384  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  59.64 
 
 		 358 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  58.86 
 
 		 358 aa  379  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  58.79 
 
 		 358 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  58.79 
 
 		 358 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  59.39 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  58.79 
 
 		 358 aa  371  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  57.96 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  57.96 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0429  porin Gram-negative type  55.29 
 
 		 361 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.568653 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4279  OmpC family outer membrane porin  54.68 
 
 		 361 aa  345  7e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  49.85 
 
 		 357 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  49.85 
 
 		 357 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  45.92 
 
 		 363 aa  305  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3020  outer membrane protein (porin)  46.59 
 
 		 365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377594 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  45.71 
 
 		 360 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  45.53 
 
 		 344 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  45.63 
 
 		 344 aa  278  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  42.98 
 
 		 344 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  44.98 
 
 		 340 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  43.94 
 
 		 341 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5435  porin precursor transmembrane protein  48.03 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  44.71 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  42.32 
 
 		 362 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  38.87 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4931  porin  39.03 
 
 		 357 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3229  porin  39.03 
 
 		 357 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.484687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  39.36 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  39.36 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1479  porin Gram-negative type  37.61 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7659  outer membrane protein (porin)  36.8 
 
 		 340 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.24829  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2122  hypothetical protein  80 
 
 		 104 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  33.42 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  35.37 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  34.76 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  34.5 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  34.14 
 
 		 376 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  31.68 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  31.21 
 
 		 387 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  31.66 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6212  porin Gram-negative type  33.88 
 
 		 389 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  32.19 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0745  outer membrane porin  32.72 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.812329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2416  outer membrane porin  32.72 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  33.7 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  34.42 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2277  outer membrane porin  32.72 
 
 		 384 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1698  putative outer membrane porin  32.72 
 
 		 384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1674  putative outer membrane porin  32.72 
 
 		 411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264148  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1882  putative outer membrane porin  32.72 
 
 		 384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.400971  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0554  putative outer membrane porin  32.72 
 
 		 384 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.830781  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4097  OmpC family outer membrane porin  32.6 
 
 		 389 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0768  OmpC family outer membrane porin  31.38 
 
 		 393 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  33.79 
 
 		 392 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  33.79 
 
 		 392 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5348  porin  29.44 
 
 		 388 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118369 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  31.62 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  34.35 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  32.16 
 
 		 394 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  32.1 
 
 		 401 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.47 
 
 		 368 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  31.9 
 
 		 430 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4447  porin Gram-negative type  32.75 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4600  porin  31.88 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.447707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0702  outer membrane porin OpcP  32.34 
 
 		 523 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.259508  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  30.79 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  31.64 
 
 		 430 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.43 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.94 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.43 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  29.97 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.58 
 
 		 374 aa  114  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  31.64 
 
 		 430 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  31.37 
 
 		 390 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  32.33 
 
 		 385 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3547  porin  32.33 
 
 		 385 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  31.37 
 
 		 430 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  31.37 
 
 		 430 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  31.37 
 
 		 430 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  30.87 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  31.69 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  31.69 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  31.69 
 
 		 376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  31.4 
 
 		 352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  30.27 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.79 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  33.9 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  33.93 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  32.29 
 
 		 362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  32.79 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>