More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5195 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  100 
 
 		 382 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  80.12 
 
 		 346 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  77.25 
 
 		 366 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.3 
 
 		 352 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.96 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  32.79 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  31.89 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  32.34 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  32.34 
 
 		 350 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  32.34 
 
 		 350 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.29 
 
 		 335 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  32.79 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  32.79 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  28.32 
 
 		 374 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  32.34 
 
 		 355 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  30.42 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  31.56 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  32.11 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  31.34 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  37.31 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  29.5 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.44 
 
 		 402 aa  117  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2270  outer membrane porin OpcP  38.28 
 
 		 386 aa  117  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.272228  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  37.31 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  31.15 
 
 		 368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  32.56 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.1 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  31.37 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  30.16 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  39.46 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  31.72 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  29.16 
 
 		 375 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  30.73 
 
 		 351 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  30.21 
 
 		 359 aa  112  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  30.7 
 
 		 401 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  30.28 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  30.28 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  32.16 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6199  porin  30.28 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.687747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  32.16 
 
 		 386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  38.73 
 
 		 376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  38.12 
 
 		 430 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  37.68 
 
 		 399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  36.32 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  35.1 
 
 		 376 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  30.68 
 
 		 383 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  29.21 
 
 		 371 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  31.96 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  29.43 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  38.12 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  38.12 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  30.05 
 
 		 364 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  30.25 
 
 		 352 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  30.03 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  31.97 
 
 		 358 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  30.41 
 
 		 362 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  29.45 
 
 		 348 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  30.83 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  31.12 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1367  putative outer membrane porin  37.62 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1085  putative outer membrane porin  37.62 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.376652  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2747  OmpC family outer membrane porin  39.11 
 
 		 378 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2350  putative outer membrane porin  37.62 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  37.84 
 
 		 380 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2059  putative outer membrane porin  37.62 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  32.3 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  31.2 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  33.07 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  31.12 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  30.64 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  30.64 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  32.05 
 
 		 348 aa  107  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  28.35 
 
 		 369 aa  107  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4230  porin  28.84 
 
 		 357 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  36.97 
 
 		 390 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  29.57 
 
 		 362 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  36.97 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1546  outer membrane protein (porin)  30.18 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1720  outer membrane porin OpcP  29.43 
 
 		 400 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34502  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  28.3 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3564  porin  37.36 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.219626  normal  0.589803 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1122  putative porin OpcP1  29.43 
 
 		 400 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.943534  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0957  porin  29.43 
 
 		 400 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5248  porin  26.84 
 
 		 421 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2281  outer membrane porin  29.43 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  29.11 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  30.75 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3119  porin  26.84 
 
 		 421 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4046  porin  36.81 
 
 		 398 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.565887  normal  0.186391 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  30.12 
 
 		 369 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6772  porin Gram-negative type  29.79 
 
 		 377 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00264492  normal  0.103826 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1504  outer membrane porin OpcP  27.44 
 
 		 496 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  36.23 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1231  outer membrane porin  33.79 
 
 		 432 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0322  putative outer membrane porin  33.79 
 
 		 383 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0598  putative outer membrane porin  33.79 
 
 		 383 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00212421  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1929  porin  28.41 
 
 		 348 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.202601  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0969  putative outer membrane porin  33.79 
 
 		 397 aa  102  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  29.33 
 
 		 390 aa  102  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  31.05 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>