More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2423 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2423  porin  100 
 
 		 357 aa  707    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  65.64 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  45.08 
 
 		 372 aa  261  8.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  38.08 
 
 		 375 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  37.33 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  36.15 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  37.11 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  35.28 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  36.05 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  32.88 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  37.4 
 
 		 385 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  35.69 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  33.25 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  36.26 
 
 		 381 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  33.88 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  35.43 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  36.8 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  32.44 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  32.91 
 
 		 387 aa  143  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  32.33 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  35.43 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  33.88 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  32.07 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  31.35 
 
 		 431 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  29.94 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  32.19 
 
 		 374 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  33.33 
 
 		 454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  29.66 
 
 		 335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  30.59 
 
 		 354 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  32.18 
 
 		 350 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  32.18 
 
 		 350 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  29.89 
 
 		 347 aa  96.3  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  29.05 
 
 		 348 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000336209 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  31.63 
 
 		 335 aa  94  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  31.03 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  29.54 
 
 		 358 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  31.91 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  30.63 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.1 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  30 
 
 		 350 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4956  porin  30.03 
 
 		 347 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  28.03 
 
 		 364 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  28.07 
 
 		 382 aa  90.5  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  28.46 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  28.97 
 
 		 344 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  30.95 
 
 		 358 aa  86.3  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  27.84 
 
 		 356 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2596  outer membrane protein (porin)  39.29 
 
 		 394 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  29.43 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  29.43 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  27.22 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1102  outer membrane protein (porin)  29.29 
 
 		 359 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  30.12 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  30.12 
 
 		 352 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  27.47 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  38.17 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4571  porin  27.22 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  hitchhiker  0.0000361687 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6321  porin  38.57 
 
 		 394 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00119227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.81 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  29.41 
 
 		 355 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1258  porin  30.32 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170456 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  28.15 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.25 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.25 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  32.39 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  31.62 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  30.39 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  31.62 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  31.62 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  31.62 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  31.62 
 
 		 363 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  33.18 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  27.27 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3655  porin  26.93 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228307  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  31.62 
 
 		 449 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4712  porin  26.93 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.875326  normal  0.163784 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  26.82 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  36.64 
 
 		 376 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  27.41 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  32 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5588  porin  26.65 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00406297 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  27.48 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  28.65 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4766  porin  29.46 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38639  normal  0.209657 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3601  porin  29.46 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1962  OmpC family outer membrane porin  26.22 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.350651  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5517  porin  29.46 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  34.68 
 
 		 411 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  30.47 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  36.76 
 
 		 382 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3981  porin  27.01 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0266554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  27.98 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  26.97 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6299  porin Gram-negative type  28.07 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2566  porin  29.48 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957532 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  27.59 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  29.38 
 
 		 384 aa  75.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  32.29 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  37.07 
 
 		 383 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  27.59 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>