More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1258 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1258  porin  100 
 
 		 322 aa  642    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170456 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  32.07 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0171  porin  30.09 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  34.29 
 
 		 351 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  32.52 
 
 		 335 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2566  porin  32.04 
 
 		 307 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957532 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  29.46 
 
 		 358 aa  89.7  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  30.09 
 
 		 346 aa  89.7  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  30.99 
 
 		 351 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  36.63 
 
 		 382 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  36.63 
 
 		 382 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4258  porin  28.45 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  hitchhiker  0.000204948 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  31.78 
 
 		 355 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  34.57 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  29.86 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  31.7 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  30.21 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  30.21 
 
 		 352 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  31.15 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  27.35 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6483  porin  27.35 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  29.25 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0134  porin  28.44 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0152  porin Gram-negative type  28.12 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  28.95 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  29.01 
 
 		 414 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  30.59 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  31.06 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  31.91 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0388  OmpC family outer membrane porin  30.08 
 
 		 384 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.62464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  31.19 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  29.07 
 
 		 344 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  28.49 
 
 		 350 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  30.22 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  36.79 
 
 		 361 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  32.46 
 
 		 399 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  29.25 
 
 		 368 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  30 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6742  porin  29.61 
 
 		 357 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2385  outer membrane protein (porin)  33.83 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  29.38 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  30.65 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5676  porin  26.89 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919602 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  38.02 
 
 		 413 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  36.22 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  29.12 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  28.32 
 
 		 383 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4499  porin Gram-negative type  26.01 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0190258  normal  0.402207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  36.22 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  39.29 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  39.29 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4631  porin Gram-negative type  26.01 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0562233  normal  0.0152866 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  40.74 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6266  porin  29.97 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1564  porin  29.97 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247151  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  39.29 
 
 		 373 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  26.54 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  40.38 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  28.37 
 
 		 344 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3740  porin  26.63 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  34.92 
 
 		 390 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4628  porin  26.63 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.58 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1082  porin transmembrane protein  33.19 
 
 		 394 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000550491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  33 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  35.71 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  31.66 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  28.74 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  41.88 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  26.38 
 
 		 383 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  27.99 
 
 		 358 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  29.52 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  41.88 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  33 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  34.85 
 
 		 394 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3119  outer membrane porin  34.16 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0341441  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  34.16 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3234  outer membrane porin  34.16 
 
 		 430 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.283288  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  28.81 
 
 		 350 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4871  porin Gram-negative type  31.14 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  27.65 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  26.71 
 
 		 344 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5977  porin  33.47 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000297374  decreased coverage  0.000158153 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  39.42 
 
 		 384 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5613  porin  33.47 
 
 		 363 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000212183  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  32.29 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  32.29 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7462  outer membrane protein (porin)  29.41 
 
 		 360 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00141122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5138  porin  28.16 
 
 		 396 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0176797  normal  0.966332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>