More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3025 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  98.67 
 
 		 376 aa  739    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  100 
 
 		 376 aa  749    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  77.84 
 
 		 376 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  50.13 
 
 		 363 aa  342  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  47.43 
 
 		 357 aa  298  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  46.28 
 
 		 360 aa  291  9e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  45.26 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  44.68 
 
 		 354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  44.68 
 
 		 354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  44.24 
 
 		 413 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  43 
 
 		 379 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  43.12 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  43.12 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  43.12 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  43.12 
 
 		 377 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  43.12 
 
 		 377 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  43.12 
 
 		 377 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  42.86 
 
 		 377 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  41.1 
 
 		 378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  41.21 
 
 		 373 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  41.21 
 
 		 373 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  41.21 
 
 		 373 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  41.76 
 
 		 373 aa  242  6e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  42.29 
 
 		 373 aa  243  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  42.29 
 
 		 384 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  42.02 
 
 		 384 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0029  porin  46.35 
 
 		 264 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  39.29 
 
 		 382 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  38.26 
 
 		 391 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  34.49 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  35.12 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  36.96 
 
 		 372 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  36.51 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  36.19 
 
 		 389 aa  185  9e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  36.47 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  36.47 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  36.48 
 
 		 386 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  33.5 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  33.5 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  33.92 
 
 		 352 aa  177  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  35.94 
 
 		 348 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  34.43 
 
 		 355 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  34.1 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  37.31 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  37.31 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.43 
 
 		 387 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  35.42 
 
 		 348 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  35.05 
 
 		 354 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  36.23 
 
 		 354 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  34.98 
 
 		 368 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  34.71 
 
 		 398 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.49 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  35.52 
 
 		 362 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.96 
 
 		 383 aa  166  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  34.63 
 
 		 381 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  35.24 
 
 		 384 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  35.2 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  36.11 
 
 		 401 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  34.15 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  33.89 
 
 		 387 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  36.76 
 
 		 384 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  34.7 
 
 		 358 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.5 
 
 		 368 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  35.71 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  32.84 
 
 		 362 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  33.49 
 
 		 391 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  32.85 
 
 		 385 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  35.17 
 
 		 383 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  32.78 
 
 		 388 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.15 
 
 		 371 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  35.11 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.61 
 
 		 364 aa  158  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  35.85 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  34.94 
 
 		 381 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  34.55 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.44 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  34.28 
 
 		 379 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  34.87 
 
 		 383 aa  156  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  34.15 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  35.61 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  37.11 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  34.34 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  37.37 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  34.31 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  33.17 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.32 
 
 		 379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  33.74 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  33.09 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  36.39 
 
 		 356 aa  154  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3390  porin signal peptide protein  34.24 
 
 		 376 aa  153  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0795633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  31.53 
 
 		 393 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  32.66 
 
 		 386 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  34.2 
 
 		 385 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0949  porin Gram-negative type  35.94 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0379261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>